はじめに 前回はFATSQファイルの前処理・クオリティチェックを行いました。今回は下記の記事の続きとなります。 リードの配列と既知の配列（リファレンス配列）を比較し、リードがどこのDNA領域に由来するかを特定するプロセスをマッピングまたはア

はじめに 今回は深層学習の仕組みについて解説します。深層学習は、人工知能（AI）の一分野であり、大規模なデータセットからデータの特徴を学習し、複雑な問題を解決する能力を持っています。深層学習の応用範囲は多岐にわたり、医学分野や生物学の分野に

はじめに前回はFATSQファイルのダウンロードまで行いました。今回は下記の記事の続きとなります。次世代シークエンサーまたは公共データベースから取得したFASTQファイルは、アダプター配列や低品質なリードを含んでいます。したがって、FASTQ

はじめに今回は公共データベースに保存されているsra形式のシークエンスデータをダウンロードし、fastq形式のファイルを取得する方法について、実際の論文データを用いて詳しく解説していきます（図1）。誰でも再現できるように使用するコマンドにつ

はじめにRNA-seq解析では、解析の過程で様々な種類のファイルと解析ツールが登場するので、「それぞれのファイルには何の情報が格納されているのか？」、「どの解析ツールを使えばいいのか？」「次の解析は何をしたらいいのか？」など、初学者がつまず

はじめに本記事では代表的な次世代シークエンサーの種類とその原理についてわかりやすく、そして詳しく解説して行きます。次世代シークエンスを扱う上で必須の知識や用語についても同時に解説していきます。次世代シークエンサーを用いて実験をしたい方やNG

はじめに今回は次世代シークエンサー（next-generation sequencer; NGS）を用いたRNA-seq解析の基礎知識について解説します。はじめてRNAseq解析をはじめる方、途中で挫折してしまった方、公共のデータベースを用

はじめにフローサイトメトリー（FCM）では複数の蛍光色素を用いて、マルチカラー解析を行うことができます。マルチカラー解析では「コンペンセーション（蛍光補正）」というステップが必須で、デブリ（細胞片やゴミ）やダブレット、死細胞除去をした後に行

はじめにダブレットとは2個の細胞凝集塊のことを言います。フローサイトメトリー（FCM）ではシングルセルレベルで解析を行うため、解析時に必ずダブレット除去を行います。もしダブレット除去を行わずに解析をしてしまうと、再現性が取れなかったり、誤っ

はじめに今回はフローサイトメトリー（flow cytometry; FCM）という技術について、できるだけわかりやすく解説します。FCMは細胞のサイズ、細胞内構造の複雑さ、細胞表面及び細胞内分子の発現をシングルセルレベルで解析する技術です。

はじめに今回は自然免疫と獲得免疫について詳しく解説していきます！免疫反応の本質を理解していただくために、詳細な情報はできるだけ省略していますが、重要な部分はしっかりと解説しています。また、「免疫学に関するFAQ」項では、私が免疫学を勉強して

はじめに本記事では血液、リンパ液、リンパ球、抗原が体の中でどのように循環していて、どこで免疫反応が起きているかについて解説しています。今回は読者の皆様が免疫システムの全体像を把握できるようにという思いで記事を執筆しており、詳細な免疫反応には

はじめにヒトゲノムは30億塩基対もの大きさがあり、かなり凝縮して核内に収納されています。この時、染色体は無秩序に核内に詰め込まれている訳ではなく、ヒストンというタンパク質に巻きついて収納されています。ここで重要なことは、ヒストンはDNAを巻

はじめにDNAは生理的な条件（＝中性条件）では、DNAに含まれるほとんんどのリン酸が電離して負電荷を帯びています。これは、酸に固有の定数である酸解離定数pKaについて学ぶことで、理解することができます！pKaについて知ることで、教科書に書か

はじめに核の直径はわずか5～20μmであるのに対し、ヒトゲノムは約2mの長さがあります。したがって、DNAは核の中にかなり凝縮して存在しています。この時、DNAは無秩序に核内に詰め込まれている訳ではなく、一定の規則があり、非ランダムに格納さ

はじめに今回はPCRの原理について解説していきます。ライフサイエンスを学ぶ人だけでなく、パンデミックを生きるすべての人にとって重要な知識です！ぜひ最後まで読んで、理解していただけたら幸いです！PCRは新型コロナウイルスの感染の有無を検査する

はじめにタンパク質の翻訳は開始コドン「AUG」から始まります。また、「AUG」は開始コドンとして使われるだけでなく、タンパク質に含まれるアミノ酸の一つであるメチオニンを指定するコドンとしても使われます。つまり、一つのmRNAに「AUG」配列

はじめにあるコドンと結合する特定のtRNAは、特定のアミノアシルtRNA合成酵素によって正しいアミノ酸が付加され、mRNAの遺伝情報はアミノ酸配列へと変換されます。このtRNAとアミノ酸の特異的な結合の仕組みについては、以下の記事で詳しく解

はじめにmRNAの塩基配列情報を用いてタンパク質が合成されることを翻訳と言います。タンパク質はアミノ酸が鎖状につながったものなので、mRNAの塩基配列はアミノ酸配列を指定しているということになります。DNA複製もRNAの転写もヌクレオチドを

はじめにmRNAは転写された後様々な修飾を受けます。特に5’キャップ、RNAスプライシング、3’ ポリアデニル化の3つの転写後修飾は有名であり、重要です。今回はこの3つの修飾機構だけでなく、非翻訳RNAの転写後修飾や、新型コロナウイルスのm