脳神経内科医、３人の子持ち研究員。アメリカで神経変性疾患の研究中。 アメリカでの生活や子育て、気になった論文の紹介等、色々備忘録目的で投稿しています。
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https://twitter.com/mom_neurosci |
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1件〜100件
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
２群比較はｔ検定。 ３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 分散分析の前提条件は下記３点。 N数が十分に多い 分散が等しい 正規分布 分散はBartlett検定 …
先日、TDP-43の凝集体はアミロイドフィブリル状の構造をしておらず、もっとグチャッとしている……のような内容の論文 [1] について考察しましたが、 それに関連して……今回は、TDP-43のC末断片（TDP-25）凝集 …
【Illustrator】Dot-density map を作成し、Heatmap と重ねる
先日、ハーフトーンでスケールを作る方法を書き留めたばかりだけど、 私の持っている heatmap アプリがハーフトーンのスケールを認識しなかった（まあ、あたり前かもだけど……）。 で、結局グレースケールで一度ヒートマップ …
少し前に "Six Flags" というテーマパークに遊びに行った時の話。 絶叫系アトラクションをはしごした後、私達は観覧車でひとブレイク入れることにしました。 遠くに見える観覧車を目指して歩いていると、次 …
以前パズルブームだった長女（当時7歳）。 その時は、動物、宇宙と1000ピースのパズルを完成させ、「次は1500ピースの花火にする！」と張り切ってとりかかりましたが、 ちょっとハードルが高かったらしく、完成を見ずして、子 …
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を …
【Rトラブルシュート】Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer
今までサクサク動いていたコードで、カラーコードだけ変更したつもりでRUNしたら、最後にグラフを ggsave で保存する時に下記メッセージ↓。 Error in seq_len(n) : argument must be …
α-シヌクレイン（α-synuclein, α-Syn）は、パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）やレヴィ小体型認知症（dementia with Lewy bodies, DLB）の主要病理で …
Heatmapのテンプレート作成中。 ドット模様のスケールが必要になったので、その備忘録。 ドット模様（ハーフトーン）を作る グラディエントの図を作成 まずは、グラディエントの図形を作成する。 「M」（もしくは、ツールバ …
ちょっと前の話になりますが、隣の席の韓国人の同僚が、祖国で教授のポジションを得て、急遽帰国することになりました。 彼は私達夫婦と同じ脳神経内科医で、韓国で患者さんを診ながら臨床研究でたくさん業績を出していたのですが、 「 …
先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 …
アルツハイマー病では、神経細胞の遺伝子がより多く変異している
私達は、普段何気なく生活しているこの瞬間にも、どこかの体細胞の遺伝子が傷つき、損傷と自己修復を繰り返しています。 増殖抑止機能の部分の遺伝子修復が追いつかなかったりして、自己増殖能がイカれた細胞の一部はがん細胞として独り …
まあ、言ってしまえばただの消しゴムなんだけど、あたかも鉛筆で書いた線を消しゴムで消すかのように消して、ベクターを再編成してくれるから、魔法みたいだなーと思う。 消しゴムツール 例えば下記のような線の余計な部分を消したい場 …
先日の長女（9歳）との会話を受けて、 私は 「やっぱり彼女は、自分の作った作品を皆に見てほしいんだなー。」 と思うようになりました。 彼女は、絵本や漫画以外にも、たくさんの絵を描いています。 出来上がった作 …
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマ …
ジワジワと進展してきたタウが下前頭回でAβと出会った時、新皮質への爆発的広がりの扉が開く
私が研究を始めた頃、アミロイドβ（amyloid beta, Aβ）がアルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の根本的原因とする「アミロイド仮説」が全て、のような雰囲気がありました。 「Aβが溜 …
Heatmapのテンプレづくりに欠かせないライブペイント。 私の使っているHeatmapアプリでは、アトラスの各領域をソフトに認識してもらうために、グレースケールで領域を指定したテンプレートを作っておく必要がある。 ライ …
長女（9歳）は、不定期に自分で絵本や漫画を作っており、 出来上がると、私達両親に見せに来ます。 いずれのお話も、長女の頭の中に浮かんだストーリーを浮かんだままに書かれている感じで、色々な意味で独創的です。 …
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
NAの取り扱いシリーズ第３段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 "State" が<NA& …
ナイアシン受容体のHCAR2がミクログリアを活性化し、ADに保護的に働く
ビタミンB群が神経保護的に働く事は時々聞きますが、その中の1つであるナイアシンは、ビタミンB3に該当し、ニコチン酸（nicotinic acid）とニコチンアミド（nicotinamide）の総称になります。 ニコチン酸 …
Heatmapのテンプレ画像を作る為にイラレ作業中。 ちょこちょこ忘れている所があったので、備忘録。 オープンパスの連携 例えば下図真ん中のように、パスが離れている場合、 色塗りできないからくっつけたい。 こんな時は、離 …
ある日、私が化粧台でお化粧をしていると、暇を持て余した長男（11歳）がやってきて、私の隣にあるトレーニングジムセットで懸垂を始めました。 鉄棒にぶら下がった状態で、彼は私に話しかけてきました。 長男 「 あ …
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
NAの取り扱いシリーズ第２段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、解析したい列に欠損値がある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat)] で、例えば " …
イラストレーター内で、文字を検索したり置換したりしたいとき。 wordみたいに Ctrl＋F／Ctrl+H はできないけど、ちゃんと検索・置換機能がある。 検索と置換 上にある「編集（Edit）」タブから、「検索と置換（ …
「春休みだから、どこかに遊びにいけるんでしょう！？」 という長女の言葉を受けて、週末に休みをとり、ニュージャージー州の Six Flags というアミューズメントパークに遊びに行きました。 大型のアトラクションのあるパー …
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い方①：欠損値／欠損値以外のデータの抽出方法
データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 データのインポートと欠損値（NA）の抽出、欠損値行を避けて抽出する方法 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄 …
R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_ …
髄液中の可溶性TAM受容体（sAXLとsTyro3）はアルツハイマー病のバイオマーカーになり得るか
神経炎症は、アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）を含む多くの神経変性疾患で認める初見で、病態との関連も多く報告されています。 炎症を語る上で外せない細胞の１つがミクログリアですが、そのミクロ …
今年の Easter（復活祭）は、4月17日。 地域でもイースターのお祭りの為に色々なイベントが企画されています。 私達がお世話になっている教会では、ここ2年ほどCOVID-19のパンデミックでお祭りが中止 …
【Illustrator】丸（○）のオブジェクトを四角（□）に変換 etc.
同僚からの依頼。 下グラフのDLB2の黄緑の○を、上のDLB1と同じ深緑色に変えて、形を○から□に変更したい、という内容。 途中まではさくっとできたけど、○ → □ って、どうすればいいかなーと迷ったので、 …
平日の朝は、ラボに行く車に小学生二人を乗せ、近くの学校まで送っていますが、 その時間、彼らは宇宙旅行をしています。 「あと5秒でロケットが発射します。5, 4, 3, 2, 1, Blast off!!!」 …
【Rトラブルシュート】Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection
Rでcsvファイルを読み込もうとしたら、下記エラーメッセージ↓。 Error in file(file, "rt") : cannot open the connection ちょっと困って、下記を参考にして direc …
私の舌は、真ん中に大きな網目状の溝が走っており、両側にも小さな溝が無数にあります。 「溝状舌」 と言って、成人の5－15％くらいの割合で起こるといわれています。 小さな頃はなかったように思いますが、少なくとも10代後半ご …
【Excel】カット（コピー）したセルを挿入する時のショートカット
エクセルでセルをカット（コピー）して別の場所に挿入する場合、 今までは、 １．セルをカット「Ctrl + X」or コピー「Ctrl + C」 ２．挿入先を選択 ３．「Shift + F10」 (右クリック) ４．「Al …
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?③：FTLD-TDPにみられるアミロイドフィブリルはTDP-43じゃなくてTMEM106B!?
TMEM106B凝集体のcryo-EM解析第３段。 前回までのおさらいですが、最近、TMEM106B凝集体に関する論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr …
今住んでいるアメリカのアパートは、築60年くらい……かなり古いです。 色々リフォームされてはいますが、色々な箇所が壊れる事は日常茶飯事。 最初は驚きましたが、だんだん慣れてきて、よっぽど困ったときだけ管理人に伝えて修理し …
【Excelマクロ／VBA】PERSONAL.xlsm/PERSONAL.SLXB を開く
エクセルでマクロを personal.xlsm に記録・呼び出しするためには、PERSONAL.xlsm を開いておかなければならない。 その保存先についての備忘録。 1. 「Win + E」でファイルエク …
先日、今年の9月いっぱいまで今のラボでの雇用を延長してもらう事が決まり、秘書さんがそのための手続きを進めてくれました。 彼女の説明によると、ポスドクは1年契約しかできないので、一度来年度までの1年雇用延長の手続きを行った …
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?②：TMEM106Bの凝集体は神経疾患の他、健常高齢者脳内でも観察される
前回 [1] に引き続き、 TMEM106Bに関する論文。 今回は、Nature誌に掲載された、イギリス・MRC研究所のDr. Goedert、Dr. Scheresらの研究グループからで、色々な神経変性疾患の他、健常高 …
長男（11歳）は、今はジャズの先生にピアノを習っていますが、日本にいた頃はクラシックの曲を習っていました。 私が以前使っていたクラシック曲の楽譜集もアメリカに持ってきていたので、 その楽譜集の中から、ベートーベンの月光や …
R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_ …
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?①：TMEM106Bの凝集体が色々な変性疾患で観察される
先日、TMEM106Bに関する驚きの論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr.Fitzpatric、カナダ・英コロンビア大学のDr.Mackenzieらの …
私は時折、気分が落ち込んで、気持ちを立て直すのを難しく感じる時があります。 まともな理由の時も多いんですが、ほんの些細な事で落ち込むことも多いです。 日本人は不安遺伝子と呼ばれるSLC6A4（セロトニントランスポーター …
マクロ登録する時に、開発タブ（Developer）があったほうが便利。 でも、デフォルトでは非表示になっている…… ので、表示させる方法 ↓ 開発タブの表示 １．「ファイル（File）」 ２．「オプション（ …
Glymphaticドレナージは細胞外タウを洗い流して、タウ凝集化や神経障害を防ぐ
私達の脳は液体で満たされており、 脳の間質内：脳間質液（interstitial fluid, ISF） 脳室や脳周囲：脳脊髄液（cerebrospinal fluid, CSF） と名付けられています。 ISFは、間質 …
ある日の朝、ラボのグループメールに衝撃のお知らせが飛び込んできました。 動物施設のRoom46でウイルス感染が確認され、この部屋のマウス達は全て隔離されます。 ラボは騒然としました。 ラボ内のマウス達の半分 …
Roche社は、抗アミロイドβ（Aβ）抗体のガンテネルマブ（gantenermumab）の２回目の第３相治験についてアナウンスしました。 ドナネマブはAβフィブリルに結合するヒトIgG1抗体でAβのN末と中央部を認識しま …
【Rトラブルシュート】Error: attempt to use zero-length variable name
R markdown のチャンクに ```{r fig.height=10 fig.width=6} コード色々 ``` と書いて、「Ctrl + Enter」で実行しようとしたら下記エラーが出た。 Error: att …
TREM2 (triggering receptor expressed on myeloid cell 2) は、脳内では主にミクログリアに発現する膜貫通型の糖蛋白です。 このTREM2をコードする遺伝子TREM2の点 …
以前、長女（9歳）の作品がレセプションに選ばれ、みんなで鑑賞に行ったお話を投稿しましたが、 今年もそのレセプションの案内が届いたので、家族で見に行きました。 会場はいつもと同じ小さな美術センターの中で、色々 …
【Rで作図】グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える
下記のようなグラフがあり、 これにプロットを重ねたい……でもただプロットするだけじゃなくて、各グループ内にいるオスとメスがプロットの形と色で区別できるようにしたい。 そんな場合の備忘録↓ グループ内でサブブループによ …
前頭側頭葉変性症（Frontotemporal lobar degeneration, FTLD） は、人格変化、情動異常、言語障害などを特徴とする認知症の1つで、若年性認知症（65歳以下）の症例数としては、アルツハイマ …
以前、このブログに書いた事がありますが、私には職場に苦手な人がいました。 どれくらい苦手かというと、部屋のドアを開ける時「中に彼女がいるかも」と思うだけで、心拍数が上がり、冷や汗が出るくらい。 ただ、彼女が …
最近はどのジャーナルからも「棒グラフにはプロットを重ねるように」と言われると思う。 私自身、プロットしていないと気持ちが悪い。 で、その方法 ↓ 棒グラフにプロットを重ねる 棒グラフだけだと mean とかのデータを使う …
うちの子供達のピアノの先生はジャズ音楽が専門で、子供たちにもコードを教えてくれています。 「習い事って続くかしら……」 と心配していましたが、意外にもみんなある程度ちゃんと練習していて、毎回progressしているように …
タウは微小管結合タンパクで、その異常凝集体はアルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の主要病理の1つと言われています。 他にも、前頭側頭型認知症（frontotemporal dementia, …
次男（６歳）は、お兄ちゃん（１１歳）やお姉ちゃん（９歳）と比べると一回り小さいですが、 気持ちだけは彼らと対等でいて、お姉ちゃんに算数の問題を出題したり、お兄ちゃんに全力でタックルしたりしています。 でも、なんだかんだい …
下記グラフのx軸ラベルを斜めにしたい場合。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 角度, hjust = 高さの調節)) を追加する。 theme(axis.text.x = …
p>将来アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）にはなりたくないですが、残念ながら、私が属する性別である女性は、男性よりもADのリスクが高いと言われています [1]。 特に閉経後の女性でA …
ある日の「夜のお話タイム」の出来事。 夜、子どもたちはベッドに入ると、長女（９歳）がいつものように声をかけました。 長女「お母さん、story！」 私が、 「うーん、今日はどうしようかなー。ち …
等分散の検定 データが等分散かどうか、F test で検証。 var.test(グループ1, グループ2) var.test(NFT_Pd_Ipsi_Hipp$NFT, NFT_WT_Ipsi_Hipp$N …
変異Gcaseでシャペロン介在性オートファジーを介したα-シヌクレインの分解が阻害される
ゴーシェ病の原因遺伝子 GBA1。 GBA1 はリソソーム脂質加水分解酵素グルコセレブロシダーゼ（Glucocerebrosidase, GCase）をコードする遺伝子で [1] 、GBA1のホモ変異でGCaseの活性が …
我が家の夜のルーティンの一つに、「お話タイム」があります。 夜になると、寝室のキングサイズベッドの上に家族５人で寝転がり、まず長女（9歳）が自分の好きな本の１話分を読み、次に次男（6歳）がなぞなぞの本からいくつか出題して …
【Rトラブルシュート】Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’
パッケージ "ggsignif" をインストールしようとして、 install.packages(ggsignif) と入れて実行したら下記エラーメッセージ↓ Error in library(ggsignif) : t …
タウは、アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の主要病理の1つである神経原線維変化（neurofibrillary tangles, NFT）の構成タンパクの1つで、これまでに色々なタンパクと …
子供たちがもっと小さかった頃、朝起きると、自分ではベッドから出ずに、 「○○ちゃんが起きたよー」 と、ベッドの中から自分が起きたことを大声で知らせてきていました。 そしてベッドの縁に腰掛けて、私が迎えに来る …
今年に入ってから、身内の手術やメンターの他界などであまり頭が働かず、論文もアブストをさらっと見るだけで、内容をまともに読めていませんでした。 でも、このまま停滞していても良くないので、一人抄読会を再開しようと思います。 …
断書 本記事は、少し前、私の身近な人が他界する前後に書き溜めていたものです。 遺族の許可を得て投稿しておりますが、ここに書かれていることはすべて私の主観を元に書かれており、事実と異なる可能性もある点をご了承ください。 ま …
断書 本記事は、少し前、私の身近な人が他界する前後に書き溜めていたものです。 遺族の許可を得て投稿しておりますが、ここに書かれていることはすべて私の主観を元に書かれており、事実と異なる可能性もある点をご了承ください。 ま …
断書 本記事は、少し前、私の身近な人が他界する前後に書き溜めていたものです。 遺族の許可を得て投稿しておりますが、ここに書かれていることはすべて私の主観を元に書かれており、事実と異なる可能性もある点をご了承ください。 ま …
断書 本記事は、少し前、私の身近な人が他界する前後に書き溜めていたものです。 遺族の許可を得て投稿しておりますが、ここに書かれていることはすべて私の主観を元に書かれており、事実と異なる可能性もある点をご了承ください。 ま …
断書 本記事は、少し前、私の身近な人が他界する前後に書き溜めていたものです。 遺族の許可を得て投稿しておりますが、ここに書かれていることはすべて私の主観を元に書かれており、事実と異なる可能性もある点をご了承ください。 ま …
断書 本記事は、少し前、私の身近な人が他界する前後に書き溜めていたものです。 遺族の許可を得て投稿しておりますが、ここに書かれていることはすべて私の主観を元に書かれており、事実と異なる可能性もある点をご了承ください。 ま …
断書 本記事は、少し前、私の身近な人が他界する前後に書き溜めていたものです。 遺族の許可を得て投稿しておりますが、ここに書かれていることはすべて私の主観を元に書かれており、事実と完全には一致しない可能性もある点をご了承く …
毎週日曜日には、教会のミッショナー夫婦がボランティアで主催してくれている英語教室があります。 内容としては、聖書を読んで質問に答えたりディスカッションしたりする、というもの。 英語の勉強というよりは、ほぼほぼ聖書の勉強と …
あなたがいなくなってから数日経過し、色々な場所で追悼記事を見るようになりました。 それらの記事を読むたびに、あなたの残してきた業績がどれだけ偉大だったかを再認識させられます。 飽くなき探究心と好奇心。 自分 …
ある日の朝、朝食中に長女（9歳）が言いました。 「今度の週末、またクレーンゲームをしてもいい？」 クレーンゲームを避けてきた私と、それに魅力を感じている彼女 彼女の言うクレーンゲームとは、俗に言うUFOキャッチャーの事で …
【Excelマクロ／VBA】Can’t Execute Code in Break Mode
家で作ったVBAをクラウドに上げて、職場で実行しようとした時に出てきたこの表示。 あれ？と思って調べた時の備忘録。 前置き：別の場所で作ったVBAの参照元を変更した まず、クラウドに上げておいたVBAは、自宅PCの保管場 …
ある日の事、LINEに父親から短いメッセージが届きました。 私事ですが、先日の人間ドックで、以前から指摘されていた結節影が1年で2mm増加し、要精査となりました。 父親が癌になったと聞かされて 父は以前からCTで右肺尖部 …
先日、PIと私と夫、3人でミーティングがありました。 最近、PIとCo-PIが共にラボに来られず、グループミーティングなどにも出席できずにいたので、私達のプロジェクトの進行状況の確認と、今後のキャリアプランなどについて話 …
先日、長男（11歳）のGiftedプログラムのオンラインミーティングが開かれました。 長女（9歳）の時は安心しきって、見事にすっぽかしてしまいましたが、 長男の場合は、「これは絶対にすっぽかせない……」という気持ちがあり …
下記のようにグラフを作った。 # bar graphs factor(Data_NFT_sum$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont …
私は買い物に行く時、結構な頻度で次男（6歳）を誘います。 彼はとても人懐っこく、お店の人にも親しげに声をかけるので、お店の人たちがニコニコしながらサービスしてくれたりします。 そして相手が嬉しそうにしていると、こちらとし …
夕食の時間、思い出したように長女（9歳）が話しかけてきました。 「明日は節分っていうのがあって、鬼に豆を投げるんでしょう？ お父さんが教えてくれたの。」 日本にいたときも節分の豆まきはかるーくやってきたので …
ボタンをポンっと押すだけで自動でマクロを実行できるようにしたい……という場合。 こんな感じでボタンを作っておくと便利 ↓ マクロ実行ボタンの設置 １．「開発」タブ → 「挿入」→ 「ボタンマーク」を選択。 …
ADHD勉強会を始めてから、我が家では（特に夫が）気がけて長男（11歳）を外に連れ出すようにしています。 でも、雪や寒さでなかなか外に出られない日も多い今日このごろ…… 先週末、夫は朝から長男をジョギングに誘い、-10℃ …
金曜日の午後、例によって全力で実験中、彼がきて話しかけてきました。 「今日終わりそう？」 私は、 「頑張って終わらせる。けど、できれば明日もラボにきていいかな？」 と尋ねました。 彼は、ちょっと難色を示し、 …
とある棒グラフを作成。 このグラフにエラーバーを付けたい場合、 geom_errorbar() を追加する。 エラーバーをつける 標準偏差（standard deviation, SD） SDは、 dplyr::summ …
以前、長男（11歳）の「注意欠陥・多動性障害（attention deficit/hyperactivity disorder, ADHD）・注意欠如型」疑いについて、小児科にevaluationの申し込みを行いましたが …
普段からオートフィルにはお世話になっているけど、100セル以上とかオートフィルするのは、地味に時間がかかる。 ので、数式を列全体（とか長いセルとか）に一瞬でオートフィルする方法↓ 数式を列全体に一括で適応 方法１：数式を …
【Rで作図】グラフタイトル、x軸、y軸、レジェンドタイトルを変更する
下記の様に棒グラフを作成。 # bar graphs Data$Group <- factor(Data$Group, levels=c("WTM", "PdM" , "WTF" , "PdF" )) Data$R …
学校の視力検査で引っかかり、再検査前日まで視力回復トレーニングに勤しんだ件
ある日、メールの受信箱に、小学校から連絡が届きました。 次男くん（６歳）が視力のスクリーニング検査をパスできませんでした。 後日自宅にスクリーニング結果の用紙が届きますので、 眼科で再検査を受けてきてください。 私「なぬ …
【Excelマクロ/VBA】Personal Macro Workbook in Startup Folder must stay open for recording
マクロを登録しようとしていたら、下記表示が出て先に進めなくなった。 Personal Macro Workbook in Startup Folder must stay open for recording ……ちょっ …
アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）は、認知症をきたす疾患の中で最も症例の多い疾患ですが、同じADでも、10年以上かけてゆっくり進行するタイプもあれば、発症から数ヶ月～1年程度で急激に症状が …
【Rデータ整理】列の順番を並び替える：dplyr::select
データフレームの列の順番を並び替える時は、列選択で使用する dplyr::select を使う。 例えば、下記の様なデータフレームがあって、 これを左から 「Sex -> Genotype -> Region …
ある日の事、水道につけている浄水器からお水をコップに注ぎ、ごくごく飲んでいると、夫がやってきて言いました。 「浄水器のフィルターを新しくしたんだけど、違い、分かる？」 私が 「んー、わかるような……わからな …
去年の夏休みにテニスのサマーキャンプを利用し、テニス好きになった子供たち。 施設では学期中もテニススクールを開催してくれているのですが、私達両親は仕事をしているので、なかなか平日に通わせるのは難しい…… 「せっかくテニス …
普段隠れているファイルの拡張子。 時々表示させて確認したり、拡張子を変更したりしたい。 ……そんな時には、 ファイルエクスプローラーの「表示」タブ→「表示／非表示」にある「ファイル名拡張子」にチェックを入れ …
アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) の主要病理の1つ、アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) 。 Aβは、アミロイド前駆蛋白 (Amyloid precursor prote …
ggplot (ggplot2) では色々なグラフがかけるけど、基本概念は「レイヤー構造」で作る、という事。 イメージは photoshop や illustrator のレイヤーと似てる。 ggplot( …
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VSCodeを使用する際、 マルチカーソル Emmet Snippet の3つが使えると、コーディングがサクサク進む。 ただ、しばらく使っていないと「あれ？」と忘れる事がある。 前回、Snippetの書き方をまとめたので …
今ラボでは、大きなグラントが無くなって、長年働いていた職員が次々と辞めていっています。 そして先日、私の研究のアシスタントをしてくれていたテクニシャンのお別れパーティーがありました。 彼女は、このラボに15 …
アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) の主要病理の一つ、神経原線維変化 (neurofibrillary tangles, NFTs) は、主に過リン酸化タウで構成されています。 このタウ …
ファイル エクスプローラーで任意のファイルやフォルダを選択したい時、 これくらいの量だったらそこまで問題ないと思いますが、 フォルダ内のファイル／フォルダの数が多い場合、ファイル／フォルダをあれこれ探していると時間が勿体 …
R Markdownとは、RとMarkdownが結合されたもので、文章の表示とRの実行が同時にできる事が魅力の1つ。 R Markdownでは文章の中にコマンドを同梱できるため、ファイルが複数に散逸せず、整理しやすいとい …
私の所属する大学の必須トレーニングの一つに、Responsible Conduct of Research (RCR) についてのトレーニングがあります。 CITIという機関のRCRプログラムを受け、合格すると証書が与え …
アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) の抗体療法は、アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) の治療として最も期待がかかっている治療法の一つですが、 治験の結果は、マウスの実験結 …
VSCodeで自動整形するときの備忘録。 自動整形のショートカット 自動整形（auto formatting）のショートカットは、 Windowsの場合：Alt + Shift + F Macの場合：Shift + Op …
数週間前から、子供たちが何やらコソコソ忙しい…… テレビで「Mother's Day」特集があると、 長女 (8歳) が 「ダメー！私達のシークレットが！お母さん、今の聞いてないよね!？忘れたよね!？」 と叫びだします。 …
数週間前から、子供たちが何やらコソコソ忙しい…… テレビで「Mother's Day」特集があると、 長女 (8歳) が 「ダメー！私達のシークレットが！お母さん、今の聞いてないよね!？忘れたよね!？」 と叫びだします。 …
facet_wrap で３グループのグラフに分けて、ボックスプロットを作った。 MMSE <- filter(Data, complete.cases(Disease), complete.cases(LBD_Su …
ある日、友人にR Markdown のコードを確認してもらいたかったんですが、添付ファイルがごちゃごちゃしていたので、本文にも重要箇所だけ記載しておきたいという気持ちになりました。 でも、シンタックスハイライトがないと、 …
Alzheimer's disease (AD) の 主要病理の一つである アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) プラークですが、その形態によって、いくつかの種類に分かれています [1, 2]。(Gloss …
例えば、下記のようなデータがあった場合 最左の"ID"の列をみてみると、いくつか重複する数字がある。 これら重複する行を選出し、１つだけにしたい場合の方法。 重複する箇所をハイライトする 実際、どこが重複しているかこのま …
先日、同僚のポスドクからテキストが届きました。 「Prism (統計ソフト) で統計やってんだけど、P < 0.001 ってなっているのに、Tukey では P > 0.05ってでて有意差ないって言われたんだ …
神経変性疾患で大きなトピックとなっているタンパク凝集体の実験について。 リコンビナントのタウやα-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn) の凝集体は、実際の患者さん脳内のタンパク凝集体と構造が異なることが …
演算子の覚え書き。 理論演算子 理論演算子 < 左片は右辺より小さい > 左片は右辺より大きい <= 左片は右辺以下 >= 左片は右辺以上 == 等しい != 等しくない ! 否定 | 両辺のどち …
ある日突然、今までできていた パッケージのインストールができなくなることが時々ある。 今回は、'tidyverse' を読み込もうとしたら、下記メッセージが出てきて止まった。 Error: package or name …
アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) もタウもα-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn)も、 モノマー → オリゴマー → フィブリル とだんだん大きく凝集していき、 神経細胞やそれ以外の場 …
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