のんびり婚活をしています。結婚したらちょっとアメリカで暮らしてみてもいいかなと思える人、集まれ～
最近はおもむろに金属の各種データを眺めていたわけですが、以前、温度と湿度とか圧力とかその辺の話を書いていた時に、「あ、硬さってのもそういえば温度とどういう関係があるのか気になるな」と思って、メモ帳に予定ネタとして残していたものの、そのまま触れずじまいで保留となっていました。 で、金属の結晶構造データを見ていたことから脱線して、ちょうどそのネタを消化するいい機会だと思えたため、今回は硬度の話に逸れてみるといたしましょう。 まず温度うんぬんの前に、そもそもの金属の硬度についてですが、一般的に金属ってのは硬いってのが常識ですけど、とはいえ前回の記事で最軽金属として名を馳せていたリチウムとか、僕が実際…
今回またちょっとあまりにも時間がなかったもので、前回の記事で紹介していた金属の結晶構造と密度の表、せっかくまとめたこともあり、あれを使って適当にもうちょい話を広げさせていただくチョイ回とさせていただこうかと思います。 前回はアルファベット順の表を最初に示し、密度順にソートしたものは冗長に感じたため一部のみピックアップしていたのですが、まぁせっかくなので密度順ソートの完全版を今回貼る所から始めさせていただきましょう。 金属の結晶構造と密度の表（密度の昇順ソート） 金属 結晶構造 密度 (kg/m3) Lithium (Li) リチウム bcc 530 Potassium (K) カリウム bcc…
いやぁ～、タンパク質の結晶って、本当に美しいですね！（嘘だよ、記事を水増ししたいだけで、本当はそんなに大したことないと思ってるよ）…みたいな話をしていたわけですが、まぁそんな書く必要ない本音はともかく(笑)、前回見ていたJAXAの記事で、タンパク質の結晶の概説記事のサワリとして、食塩の結晶構造が例として載っていました。 https://humans-in-space.jaxa.jp/protein/public/about/structural_analysis.htmlより このように、低分子（まぁ食塩はイオン性結晶なので「分子」ですらないですけど、ナトリウム原子と塩素原子1つずつが最小単位…
ここ何回かの記事では、美しい分子・結晶について、いくつか目ぼしいものを取り上げていました。 元はタンパク質分子のX線結晶構造から始まり、結局は雪の結晶のような、「結晶」と言いつつ、「原子、分子、またはイオンが、規則正しく配列している固体である」（Wikipediaの結晶記事より）という定義に照らして考えてみると、実は雪の場合、一つとして同じ形のものは存在しないとも言えますし（まぁそのことが「規則正しく配列」という定義に外れるわけではないとはいえ）、いわゆる結晶というより単なる「氷晶」とでも言いますか、それもあって前回見ていたウィ記事のタイトルは「雪片」だったんだと思いますけど、まぁでも日常用語…
前回の記事ではApo AIという螺旋リング構造（「リング」と「らせん」って、まさに貞子の登場するホラーシリーズのタイトルズバリですが(笑)）を紹介し、「結晶構造の花形といえばタンパク質ですが、他には特に目ぼしいものもありませんでした」と、幕を閉じる所でした。 まぁ実際特にこれといった結晶タンパク質はもうないのですが、せっかくなのでもうちょい大学の生命科学系の講義で耳にする話に触れておくと、「αヘリックスから成る構造モチーフ」といえば、何気に「ロイシンジッパー」という特徴あるものが知られていまして…… ja.wikipedia.org …上記ウィ記事のトップ画像はおもんない模式図だったので、3D…
美しい…というかお見事な結晶構造を取るタンパク質をいくつか見ていた形ですが、せっかくなのでもう1つ、大変特徴的な構造のタンパク質結晶を紹介してシリーズに幕を閉じるといたしましょう。 今回は、参考にさせていただいているQuora記事(↓)より、また別の方、Himanshu Mishraさんによる回答から… www.quora.com …というか、正確には、前回のHalderさんが「ソース」として挙げられていた通り、何気にどちらもこちらのブログ記事(↓)が出典だと思われます。 beautifulproteins.blogspot.com 「beautiful proteins」というそのまんまのU…
脱線・数増しネタとして、タンパク質の美しい結晶構造を紹介するシリーズが続いています。 …といってもよく考えたらまだニューロトロフィンしか出していませんでしたが、前々回・前回と見ていたそのニュートロさんはバリエーションも豊富で（何度か書いていた通り、生物種によって同じ機能のタンパク質でも微妙に配列は違いますし、結晶化条件でもまた構造は変わってくる形ですね）、機能的にも見所がある、なかなかナイスな分子でした。 ちなみに最初の文で「タンパク質の」という但し書きをつけましたが、もちろん分子の結晶構造はタンパク質に限らず、他の高分子でも、もちろん低分子でも解明されています。 特にタンパク質と並んで生体に…
かなり中途半端な形になってしまっていましたが、前回の記事(↓)では「美しい結晶構造を見てみよう」ということで、Quoraの記事で見かけた「ニューロトロフィン」という、中々に名前も美しいタンパク質を紹介していました。 con-cats.hatenablog.com 元のQuora記事にあった黒背景の画像がちょっと見辛かったので白黒反転させたものを載せていましたが、色合いが白バックには合わなかった気もしたので、さらに画像処理としてRGB変換（光の三原色＝赤・緑・青の数字を入れ替える）を施してみたものも掲載してみるといたしましょう。 https://www.quora.com/What-are-so…
前回の記事(↓)では、タンパク質の結晶構造モデルに登場するリボンと矢印、それぞれαヘリックスとβシートというモチーフについて、ほぼ名前だけ出す程度の浅さで紹介していました。 con-cats.hatenablog.com こういった構造モチーフは、単独ではそこまでハッキリした意味を持つものでもないことが多い訳ですが（もちろん単独で重要なこともありますが）、複数のモチーフが絡んでより特徴的な構造を形成することもありまして… …例えば前回最後に見ていた、↑のサムネイルで表示されている「βバレル」なんて呼ばれるタル型のものは見た目も印象的で、もちろん構造というか機能としてもほとんどの場合特別なものを…
もはや何から逸れてったのかすら定かではない一連の酵素シリーズ（そもそもそんなシリーズなのかも謎(笑)）ですが、消化酵素の分子レベルの話、それから筋肉なんかも分子レベルでの駆動の仕組みなんかを紹介し、概ね脱線しようと思っていたネタは触れ終えた感じですね。 確か圧力や温度・湿度のネタからこの辺に逸れていったのでまたそちらに戻っていこうと思っているのですが、もう1つ触れておこうかな、と思っていた点を思い出しました。 それがズバリ、何度も紹介していたにも関わらずほぼ何の説明も加えてこなかった、タンパク質結晶構造の、モデル図について…！ こちら、一連の記事シリーズで初出だった、大腸菌のRNase Hのリ…
消化酵素の分子メカニズムの一端を垣間見ていた話から脱線して、より身近な筋肉の方も、分子的なメカニズムをちょろっと紹介してみようと思い立った前回でしたが、筋肉の構成要素の1つである超絶重要分子・アクチンがいかに時を経て保存されているかについて見ていたら時間切れとなってしまっていました。 （ちなみに、進化的にDNAやタンパク質の配列がより単純な生物で使われているものがそのまま残っていることを、「保存されている」という感じで専門用語の一種ですね。 ja.wikipedia.org …英語ではConserved sequence（そのまま「保存・配列」）で、前回見ていた種間の配列比較表とともに語られる…
消化酵素の話から唐突にアメちゃんの話をしていました。 特に他にネタも浮かばなかったので、いそいそと以前のネタに戻っていこうと思いますが、一つだけ……前回の記事では書き忘れてましたが、「浅田飴はおいしい」ということもやっぱこれ触れておきたいっすね(笑)。 シュガーレスで、寝ながら舐めても安心！とか言ってましたが、シュガーレスとは思えないぐらい、上品な甘みがあり、あんまりスースーしすぎないのも、案外アンチの多いハッカ・ミント系が目立つノド飴界にあって、流石の実力者といえましょう。 っていうか浅田飴、親に「ホレ」ってぽんと渡されたことしかなく、買ったことがなかったのでおいくら万円なのか知らず、ちょっ…
一連の消化酵素ネタから、胃薬から更には全く関係ないノド薬にまで話が広がっていましたけど、概ね書こうと思ったことは触れ終えた感じなので、少しずつまた途中状態だったネタに戻っていこうと思います。 …と思ったものの、一応せっかく話に出してたんで、前回触れていた「京都なんちゃら」というノドシロップにも最後悪あがきのように触れてみますと… （そもそもなぜ「京都」なのか謎過ぎますが、検索して出てきた情報によると、台湾の製品（元々は香港で生まれた）らしいですね。 アジアンショップに買いに行って、何て聞けばいいか分からなかったので、画像のスクショを見せて「これある？」と聞いたら、めちゃくちゃ若いバイトのお姉ち…
前回は一度も使ったことのない胃薬の成分なんかをネタに、キャッキャしていました（キャッキャはしていませんが(笑)）。 その「胃薬を飲んだことがない」という話から少し脱線してみようと思うのですが、まず「胃薬を飲んだことがない」とともに「胃腸が丈夫なのです」という自慢も最近の消化酵素記事で何度かしていましたが、基本的に量はめちゃくちゃ食べられますし、「今日は何だか胃腸の調子がよくないなぁ…食欲も湧かないや……」なんて感じたことは生まれてからただの一度たりもないのですが、実を言いますと、ちょっと苦手なものと言いますか、消化の弱点といえる部分も存在するのです。 ズバリ、生魚、つまり刺身やお寿司が、全く食…
ここ最近の記事では、消化酵素、特にタンパク質分解酵素について、主なものやそのnomenclature（命名ルール）なんかを軸に、軽く小話的に紹介していました。 関連ネタの最後に、消化酵素と現実世界で触れ合うことがあるとすれば何かと考えてみたときに、これはやっぱり胃薬であろう、ということで、胃薬をちょっと垣間見てみようかと思います。 といっても僕は生まれてこの方胃薬を飲んだことがないのですが、まぁ前回は食べたこともないベジマイトを紹介していましたし、未経験のものでも積極的にネタにして記事を水増しせずにはおれない状況って感じですね(笑)。 （ちなみにさも当たり前のように出したベジマイトでしたが、こ…
前回は「protease（プロテアーゼ）」と「proteinase（プロテイナーゼ）」の違いについて、1986年、ちょうどペプチダーゼという概念が生まれたときにまとめられた論文に触れることで、タンパク質分解酵素のnomenclatureを垣間見ていました。 まぁ論文の本文の方は前回の記事をご覧いただくとして、まとめると結局簡単な図でまとめられる、論文中で示されていた以下のスキームの通りだ、って話ですね。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1147080/より 結局、「プロテアーゼ」というのはより広い概念の言葉であり、タンパク質を分解する酵…
前回の記事では、Proteinase Kという、めちゃくちゃタンパク質をバラバラにできる破壊力の強い酵素について触れていました。 （といっても、何気に想像していたより完璧に分解するほどでもなく、ちょうど半分、10種類のアミノ酸の結合をスパッと切断する機能をもつ酵素ということでした。 …もちろん、1つの酵素が10種類ものアミノ酸を認識して分解できるってのは、実際かなり強力には違いないですけどね。） …と、そこからまたちょっと別の話に脱線しようと思っていたのですが、今回もうちょい気になるかもしれない部分に目が付いたので、まずそちらから触れていこうと思います。 それがズバリ名前についてで、タンパク質…
三大タンパク質消化酵素である、ペプシン・トリプシン・キモトリプシンについて、ごく簡単にその特徴や構造なんかを垣間見ていました。 ペプシンの認識配列はほぼ完全にキモトリプシンにカバーされているものの、一応、ヒスチジンの後で切れるという特徴がありますがこれはまぁ「DまたはE」「H」という2連のアミノ酸が実際の切断対象になるためごく低確率になりますけど、トリプシンの「KまたはR」そしてキモトリプシンの「L、F、Y、W」という認識部位であるため、これだけで6（ペプシンを加えると7）つのアミノ酸で切断されることになりますから、まぁ結構細かく分解（消化）できる形ですね。 例の、こないだ見ていたアミノ酸出現…
消化酵素の話をしているついでに前回は消化の話に脱線していましたが、長々と書いていた割に、結局、 「言ってることバラバラすぎて、結局どういうことなのか、自分の中で上手く消化できかねますわいHAHAHA」 とか適当抜かして、日常生活でいう「消化にいい」がどういうことなのか、放っぽり出して終っていました(笑)。 まぁ結局、脂分より水分が多めで、いわゆる「重くない」ものが消化にいいんだろうな、ってのは推測が立つわけですが、それにしてはマヨネーズとかバターとかが消化に良かったり、パイナップルは消化に悪いってのもちょっと理解に苦しむ感じではありますけど、胃腸が弱っているときは自分の体感で食べたくなるものを…
前回の記事では、これがなければせっかく食べたタンパク質を細かく分解できず、デカすぎて上手いこと栄養として吸収・利用できない、大変偉大な酵素なのです……という感じでトリプシンを取り上げていました。 まぁ別にどの消化酵素も健康な生活を送る上ではなくてはならないものなので、取り立ててこいつだけが偉大ってわけじゃないんですけど(笑)、まぁ消化する上では特に主役級の力を発揮するこれは大変重要だといえましょう。 というか僕は昔から…というか子供の頃、「『消化』ってなんだよ、具体的に何のことなのか、一度も教えてもらったことねーぞ」とか思ってたんですけど、結局消化ってのは、タンパク質も糖も脂肪も、食べて得られ…
ここ何回かの記事で各生物の合成するタンパク質に、どのアミノ酸がどれぐらいの割合で含まれているかについて見ていました。 「続きます」とか書いていたんですけど、実は特に続きもなかったので(笑)、また少し戻っていきましょう。 そもそものネタとしては、タンパク質分解酵素について見ていた話から脱線した形だったため、そこに戻っていく形ですね。 具体的には、ペプシンに続いて、トリプシンという腸で働く酵素を紹介しており、こちらは「塩基性アミノ酸」（具体的にはリシンとアルギニン）のお尻側でタンパク質を分解する（切断する）という話でした。 あぁせっかくなので、そのトリプシン認識配列のより正確な出現確率を見ておきま…
それでは早速、人間以外の生物が作るタンパク質は一体どういうアミノ酸構成になっているのか、改めて非常に便利な表を提供してくれていたGenescript社のページの表を参考に、まとめて参りましょう。 本来はアミノ酸の登場頻度というよりも、コドンの利用頻度についてまとめられている表であるため、むしろコドンについて着目するものなわけですが、今回はアミノ酸の使われ方にフォーカスを当てている形になります。 なので、表そのものはリンク先のデータそのものをお借りしたということであえて表自体の引用はせず、アミノ酸の登場頻度（千分率）を計算してグラフにまとめたものを並べていこうと思います。 まずは比較対象となる、…
前回の記事では、当初見ていた古～いデータをきっかけに、何気にコドンレベルで出現頻度がまとめられている表がGenescript社のページで見つかっていたため、それを用いて我らが人間様のもつ全タンパク質に登場するアミノ酸の頻度をチェックしていました。 表のデータをグラフにまとめたものを掲示し、そこで時間切れとなり力尽きていたため、グラフの再掲から参りましょう。 縦軸は千分率であり、全部の数字を合計すると1000になっているわけですが、ロイシンが約100、つまりヒトの全タンパク質のおよそ1/10ほどはロイシンでできているということで、まあまあ中々、BCAAの一員であるロイシンはやはり結構目立つ形です…
アミノ酸の出現頻度についてのお話、前回は散布図グラフを見て完全途中状態で終わっていました。 早速続きに参りましょう。 まずそのグラフの再掲からですが、情報を見かけたのがNIMBioSというテネシー大学所在の国立数学・生物学総合研究所の記事で…… www.nimbios.org …記事中の記述はやや説明不足だったので、画像自体は元ネタである1969年のScience誌から直接お借りした感じですね。 https://www.science.org/doi/epdf/10.1126/science.164.3881.788より こちら、縦軸が「実際のアミノ酸の出現頻度」であり、横軸は「理論上の想定出…
それでは引き続きアミノ酸ネタから、個人的にちょっと気になっていた、「アミノ酸は20種類あるけど、それぞれどんな割合で使われているんだろう？」というポイントに入っていくといたしましょう。 そもそもその話は、消化酵素ペプシンの認識配列は、[DE]-[FWHY]（ついに一文字表記を当たり前のように使い始めましたが、思い出していただけると幸いです）という2連続のアミノ酸だったわけですけど、これを、 「2/20と4/20なので、1/50の確率でペプシンが切断する配列が登場することになるわけですね」 …などと書いていた点に関して…… 「正確には、各アミノ酸の出現頻度は同じではないので、そう単純にはならない…
ここ最近、「保留中の分子生物学入門シリーズ記事にいつか戻ったらまた追って見ていきたいです」とか言っていたアミノ酸の話に何だかんだで触れている形になっている状況でしたが、前回の記事では脱線ネタとして必須／非必須アミノ酸のグループ分けを見ていたところで、脱線元のネタへと戻っていこうと思います。 …とその前にせっかくなのでまた少し補足から入ってみると、「必須アミノ酸9＋1種類」というのはあくまで人間の話であって、生物種によって持っている酵素は全然違うという話であったことを思い出せば明らかな通り（ちょうどこないだ見ていた、パパイヤの持つパパインは、人間は持っていないなど）、違う生物だと必須アミノ酸の数…
アミノ酸を大まかな性質ごとに分けて紹介していたのが前回の記事でしたが、前回の話はあくまで化学的な性質に着目したものにすぎず、より日常生活的に身近だと思われる栄養学的にはまた全然、丸っきり違う話にもなるのです……ということにまずは触れていくといたしましょう。 例えば、側鎖部分に炭素と水素しかない、正直化学的には何の特徴もないつまらんクソ雑魚分子と書いていた脂肪族アミノ酸……こいつらは、栄養学や健康食品に興味がある方ならどこかで目にしたことであるであろう、BCAAと呼ばれるやつらもいて、以下の大塚製薬の特集記事なんかにもある通り…… www.otsuka.co.jp 筋肉のエネルギー源・運動パフォ…
前回記事では、アミノ酸の3文字／1文字表記の覚え方なんぞをおもむろにまとめ始めた結果、20個触れるのは思いのほか時間とスペースを食ってそれだけで終わっていました。 まぁ覚え方なんて人それぞれで、あの覚え方がスマートってわけでは決してなかったんですけど、僕は最初（高校生物・化学では覚える必要がないので、大学で）覚えたときに、あんな感じで覚えて今に至るという感じのお話でした。 というか、略式表記よりもそもそもの20種類のアミノ酸自体が全く「なんそれ」なんやが……だったかもしれないんですが、これはまぁ、専門外の方は覚える必要なんて1ミリもない話で、逆に専門であればあまりにもよく目にする話すぎるのでい…
消化酵素ペプシンと胃の関係について見た後、おもむろにもう一つの代表的な消化酵素であるトリプシンについて、話に出すだけ出して時間切れにつき中途終了していたのが前回でした。 せっかくなのでそのトリプシンについてちょろっと触れてみようと思うのですが、まず、こちらは十二指腸～小腸で働くものだということで、強酸の胃とは打って変わって、これらの臓器はアルカリ性の腸液で満たされていることから、トリプシンが機能するpHもアルカリ性になっています。 したがって、例の自己分解の話ではあまり触れませんでしたが、これら消化酵素の純品を保存する際は、自己分解をより防ぐべく、胃で働くペプシンはアルカリ性の溶液に、腸で働く…
前回は消化酵素ペプシンが、タンパク質をどのように切断（分解・消化）しているのかを、分子レベルでちょろっと垣間見ていました。 ペプシンは375アミノ酸から成るタンパク質ですけど、実際はたった2つのアミノ酸（どちらも「アスパラギン酸」というアミノ酸）がアミノ酸同士の結合＝ペプチド結合を分解するのに直接関わっているということで、例えば遺伝子DNAでそのアスパラギン酸を指定する配列（復習：1アミノ酸はDNAのヌクレオチド3つで指定されるという話でした。具体的にはGATまたはGACがアスパラギン酸を指定するコードです）が変わったら、ペプシンのタンパク質分解能は完全に失われるため、非常に困ったことになり（…
酵素の話からタンパク質分解の話になり、代表的なタンパク質分解酵素であるペプシンと、生体内に最も豊富に存在するタンパク質の1つであるアクチンを例に、分子レベルでの構造の話をここ何回かの記事で見ていました。 そういえばあんまり意識していませんでしたが、「分子」といえば「酸素原子と水素原子2つがくっついて水分子」みたいな、そのレベルのもの（＝原子が複数個で分子）を思い浮かべるかもしれませんが、基本的にある機能をもった一つながりの物質は「分子」と呼ばれるので、炭素・酸素・水素・窒素が組み合わさったアミノ酸も分子ですし… （生体を構成するアミノ酸は20種類あり、一番小さくて簡単なグリシンは炭素2・酸素2…
「ブログリーダー」を活用して、紺助さんをフォローしませんか？
それでは今回も、前々回の愛情ホルモン「オキシトシン」、前回の幸福ホルモン「セロトニン」に続き、快楽物質「ドーパミン」（どれもホルモンとしての作用も神経伝達物質としての作用もあるはずですが、ちょうど順番にホルモンとしての機能が強いオキシトシン→両方とも強いセロトニン→圧倒的に神経伝達物質としての性質が強いドーパミンという形になってる気がしますね）について、世界を代表する医療機関・我らがクリーブランド・クリニックの解説まとめ記事を勝手に翻訳紹介させていただくといたしましょう。 個人的にはやっぱり「人生はドーパミンが分泌されてこそでしょ」なんて思えるものの、あんまりそう主張するとヤベェ奴になりそうな…
前回の記事では、世界最高の病院のひとつ・Cleveland Clinicがまとめている愛情ホルモン「オキシトシン」の解説記事を勝手に翻訳引用して紹介していました。 結局今日もネタを考える時間があまりにもなさすぎたため、似たような…というか全く同じパターンで、クリ・クリの記事をまとめさせていただきましょう。 今回は、三大幸福物質の1つ、メンタルの安定や落ち着いて平和な心にとても重要とされる、幸せホルモンことセロトニンです！ my.clevelandclinic.org どんな有益情報があるのでしょうか、早速参りましょう。 Serotonin（セロトニン） セロトニンは、脳の神経細胞間や全身にメッ…
前回は愛情ホルモンと呼ばれる幸福物質「オキシトシン」について触れていたわけですが、「目ぼしい話は概ね見終えたので、また途中状態だったネタに戻っていこうと思います」などと書いていたんですけど、どうにもあまりにも時間がない状況が続いていまして… （「もうそれずっと言ってない？」って話ですし、「時間ないならやめたら？」って話かもしれないんですけど(笑)、まぁ、せっかく続けてますしやれる範囲で……って感じですね） …前回の文科省の支援で作成されていた健康管理記事やウィキペディア記事が信用できないというわけでは決してないんですけれども、やはり医学生理学系の話は、個人的にMayo（メイヨー）やClevel…
神経についてはもう概ねネタも出し尽くしたかな…と思えたのですが、どうにも時間がない日が続いており、何か脱線できそうな話があれば可能な限りしゃぶりつくしておこう…という助平心のもと、前回見ていた「幸福物質」と呼ばれるセロトニンから、これまた既に以前チラッと見ていた快楽物質ドーパミンと、あともう一つそれを入れて「三大幸せ分子」と呼ばれるものがあったので、今回はまた無理くりネタを作る感じで、それを見てみるといたしましょう。 検索したら色々な医療機関が同じようにまとめてくれている記事が見つかりますけど、パッと目についた、我らが親方日の丸・文科省がバックについて監修されている↓の健康管理のための記事、や…
脊椎動物の特徴である背骨には脊髄が走っている…という話に端を発し、せっかくなので神経についてちょっくら垣間見していた最近のシリーズ記事でしたが、前回は神経細胞からまた別の神経細胞へと情報が伝わる際に用いられる、神経伝達物質について軽く触れていました。 神経細胞の内部は電気の力（より分かりやすく…というか分かりにくくかもしれませんが、実際はイオンの力ですね）で信号が伝わっていくんですけど、神経細胞同士、つまり細胞間は、神経伝達物質という低分子が放たれることでシグナルが伝わっていくというのが神経ネットワークの情報伝達のキモということですね。 まぁ用語なんてどうでもいいんですけど、細胞内をシグナルが…
前回は熱を感知する受容体（TRPと総称されるイオンチャネル；「TRP」自体はTransient receptor potential channelの頭字語からで、日本語にすると「一過性受容体電位型チャネル」となりますが、温度感知が最も知られている機能といえます）がカプサイシンでも全く同じようにチャネルをオープンして電気信号を生み出す…という話をしていました。 その途中で、めちゃくちゃ熱いものを触った時は、これは人間誰しも、「アチッ！」と思うよりも先に手を離す（まぁ「先」は言い過ぎかもしれないものの、人間の意識下での反応速度をゆうに超える、ほぼ同時ぐらいの反応ですね）「反射」（この場合、手を引…
脊椎動物の話へ入る前に、セキツイといえば…という流れでおもむろに見始めていた神経の話ですが、神経は電気信号で情報を伝えている（それを生み出しているのはイオン）という話から、熱さが伝わる仕組みについてサワリだけ見始めていました。 まず神経についてですが、↓のGIF画像をお借りして、こんな感じで電気パルスが神経細胞を伝わっていくのです…などと書いていたわけですけど…… https://www.tmd.ac.jp/artsci/biol/textlife/neuron.htmより …いやこれは何だよ、って話だったかもしれませんが、これはズバリ一つの神経細胞で、神経細胞の特徴は、まさにこのイラストで描…
前回の記事では、反射について…といっても、鏡の反射ではなく、脊髄を介した生物学的な無意識反応の方の反射について、おさらい…という程でもなく、謎の「自分、マッサージ好きすぎて、オリジナルの反射見つけちゃったんすよ(笑)」とかいうどうでもいいにも程がある話をしていました。 とはいえ反射反応は意外と面白いもので、前回も貼っていた以下のウィ記事には色々な反射が掲載されていましたけれども… ja.wikipedia.org …学生の頃、同じ学部で同じ大学院研究科に進級した友人が、大学院に入ってすぐもう結婚して子供も産んでいたんですけど（直接の友人は男性の方ですが、結婚相手も見知った別の学科の人でしたが）…
脊索動物門に入る前段階として、そもそも脊索とは何じゃらほいという話から、その進化版といえる脊椎、そして似たような用語である脊髄の話へと入ろうとしたところで時間切れとなったのが前回でした。 早速続きに参りますと、ズバリ、「脊髄とは一体何なのか…？」という点に関していえば、脊椎が骨そのものを指す言葉であった一方、脊髄というのは神経の束で、脊椎は骨が積み重なって柱のように長いものであるというのはどなたもご自身の体から明らかな話なわけですけど、この神経の束も管状のもので、まさに、硬い脊椎によってガードされている、脊椎と並走する形で伸びている長いもの（平均的な成人の場合、約40～45 cm）という感じで…
前回の記事では、動物界のラスボス、我らが脊索動物門の話に入っており、最も原始的な脊索動物であるナメクジウオの話をしながら、そもそも脊索とは何なのかを簡単に見ていました。 掻い摘んで言えば、脊索というのは「やわらか背骨」みたいなもので、何気に背骨とは違うものだという話でしたが、まぁ背骨があったらそれはセキツイ動物になってしまいますし、よく考えたらそれは当たり前だったかもしれません。 …とはいえやはり冷静に考えたらそこまで当たり前でもないというか、そもそも脊椎って何だよ、背骨と一緒なら、何で違う用語なのさ…？という気もしてくるわけですけれども、せっかくなんで今回はその辺をまとめてみるといたしましょ…
ついに動物界の全ての種をグループ分けした「門」の、（進化学的に原始的なものから並べた場合）ラストである、脊索動物門にまで到達しており、前回は脊索動物門所属のマイナーグループといえる、「ホヤ」について触れていました。 言うまでもなく、脊索動物門の最大グループは「脊椎動物」であり、この辺本当にややこしいですが、ホヤは脊索動物ではあるけれど脊椎動物ではないので、そういえばじゃあこいつは何動物なんだと思ったら、グループ名としては「尾索動物」のようで… ja.wikipedia.org （ちなみに脊索動物門の下位グループということで、これは「尾索動物亜門」と、「亜門」レベルですね） 何気にホヤ以外にも更…
前回はブンブクチャガマとかいうウニ界の異端児（というか、冷静に考えたらそれ以前に見ていたタコノマクラとそっくりでしたね、あいつ(笑)……まぁ両方ウニ族なんで、似ていて当然ではあるわけですが）を見ていました。 そして、結構ネタが豊富で話が広がってくれたウニも一通り題材が尽きてしまったため、続く動物界最後の門も間近といえる、半索動物門とかいうこれまたケッタイな輩に触れるだけ触れて時間切れとなっていた感じですね。 改めて、半索動物というのはこんなミミズのような気色悪いやつではありますが(↓)… ja.wikipedia.org …発生上は新口動物なので、コイツとミミズよりも、実はコイツと人間の方が進…
動物とすら思えない、単なる物質にも思えてしまうウニ（しかし、動画を見たら意外と可愛げがあるといいますか、トゲがうにうにと動いていて立派な動物に思えましたが）についてここ最近の記事では見ていました。 前回は、一口にウニといっても色んな種類がいるということでオトヒメやらウラシマやらオウサマやら「ふざけすぎでしょ(笑)」と一見思えてしまう様々なウニーズの名前も出しており、一通り見終えたと思っていたのですが「〇〇ウニ」という名前ではなかったので（前回のクイズの一覧では）後回しにしよう…と思ってそのまま忘れていたものがあったことに気付いたため、最後悪あがきでそのネタだけ触れて、もうちょい記事の水増しをさ…
前回は時間に追われながらウニのお尻の無修正画像などを見てキャッキャしていましたが(笑)、他にもウニの解剖図ならぬ断面図のイラストも紹介することで、みんな大好きウニの中身にまで触れていました。 まぁウニはそんなもんかな、と思っていたのですが、そういえばもう一つ触れておきたかった名前ネタがあったので、ちょっくらそこに触れることでもうちょい記事の水増しを図らせていただきましょう。 ちょうど前回イラストをお借りしていたウニの生態を解説してくれているPDF記事に、「概要」として、ウニの種類などがまとめられていた表があったのですが、その表によると日本にいるウニは約160種、そしてウニなんて日本の寿司でしか…
前回の記事では、謎の生命体とも思える…くせして実は我々人類・脊椎動物に近い性質があるという棘皮動物門の禍々しいやつらを取り上げ、主に食えるか食えんかという大変役に立つ話をまとめさせてもらっていました。 具体的には、ナマコ（マナマコ）は通販でも売られていますし日本全国どこでも食べられるレベルでおなじみの食材である一方、ヒトデはまぁゲテモノ扱いではあるものの、毒に注意すれば食べられなくはない、そしてウニの仲間であるタコノマクラやカシパンは、その見た目や名前とは打って変わって食用には適さない（と言っても、これもヒトデ同様、あえて食べる程ではないけれど、まぁゲテモノに挑戦したいなら食べられなくはない、…
動物の分類について浅く垣間見ているシリーズ、話は「門」の分類も終盤となり、「発生の初期に細胞が何度も分割してできたボールがくぼみ始めた方の穴が肛門となり、それが貫通して新しく出来た方の穴が口になる」というかなりどうでもいい共通点とはいえるものの、ほぼ全ての愛すべき動物が所属しているといえるそこそこ選ばれしグループともいえましょう、「新口動物」にまで歩を進めていました。 ↓のリストでは4門所属の新口動物ですが、どうやら前回見ていたチンウズムシは新口動物といえるかどうか微妙なラインらしく、現在主流の説では「3門とされる」なんて記述も目にしましたけれども… https://ja.wikipedia.…
元々は遺伝子DNA染色体の話から「巨大分子の話」になり、その後、生命科学系研究でよく使われるモデル生物であるC. elegansから学名の話へとつながり、さらに生物の分類学へと脱線し続けた結果、節足動物門の昆虫について、ネタとして面白いものをいくつか見ていた…という流れだったはずですか、色々と小話を提供してくれた虫も弾切れということで、改めてまた動物の「門」のリストへと戻って参りましょう。 例によってウィキペディアから動物の門一覧の表を再掲させていただきますが…… https://ja.wikipedia.org/wiki/門_(分類学)#動物界より …昆虫・甲殻類の節足動物門まで見終えていた…
分類学に端を発し、動物界の最大派閥・節足動物門に話が及んだことから触れていた虫シリーズですが、前回はとても可愛いトラツリアブ（モフモフ虫）とヒメジャノメの幼虫（猫頭）なんかを取り上げていました。 特にそれ以上ネタもなかったのですが、ふと、「好かれている虫はどんなのがいるんだろう？やっぱり少年票で、カブト・クワガタとかかな？」と思って調べてみたら…… ranking.goo.ne.jp ↑のgooランキングのみならず、軽く眺めてみたどのランキングでも、結構圧倒的な大差でトップに輝いていたのが、なんとホタル！ ja.wikipedia.org …まぁ正直、↑のサムネ画像にもある通り、本体そのものは…
前回の記事では昆虫ネタのまとめとして、忌み嫌われがちな…というか僕自身忌み嫌っている虫の中にあって、「こいつはまぁ許せるぞ」と思えるやつらを挙げていくことでもうちょっと記事を水増ししようともがいた結果、一番身近な「大丈夫な虫」として思い浮かんだアリさんから、「ワイルドなガキンチョの中には食べる子もいますよね」という話に飛び… （アリはギ酸を多く含むので酸っぱい…と思いきや、どうやら全てのアリがギ酸を持つわけではなく、日本のアリはギ酸を含まないタイプが多いとのことで、むしろ甘いことが多い…なんて話も知恵袋先生で目にしました↓ detail.chiebukuro.yahoo.co.jp …経験者で…
ここ何回かの記事で、実は動物界の中ではかなり進化的に高等なグループに位置する節足動物門（と言っても比較対象がただのヒモみてぇなサナダムシとか、動物かどうかすら怪しいカイメンとか、そういうザコと比べたら、ですけどね(笑)）、具体的には昆虫・甲殻類の話を見ていました。 いやぁ～キモイやつらともとうとうお別れです、せいせいしますね（誰にも聞かれてないのに、自分から書いておいてなんですが(笑)）。 …と思いましたが、まぁ昆虫は動物界の最大門ですし（一応、まだ発見されていないだけで恐らくもっと大量にいるであろう、原始的な寄生虫がメインの線形動物門というのもあるわけですが、少なくとも今知られている限りは、…
引き続き、いただいたご質問を見ていくことで、ベーシックなイオンやら何やらの話の理解を多少深めてまいりましょう。 最早説明ご無用、コメントはアンさんよりいただいていたものになります。 大変面白いポイントのご質問、毎度本当に感謝の極みです！ 陽イオンとか陰イオンとか言い出すとまた更にややこしくなってくるのは明らかではありますが、記事中に「水素イオン＝陽子」という記述があったのでふと思いました、、水素イオンに限らず、イオンには陽子と陰子があるんですか？…というか、中性子は聞きますが、陰子は聞かないような…？(陰子はiPhoneの予測変換にも出てきませんでした。)陽イオン＝陽子なのかと思いましたが、陰…
今回も、アンさんよりいただいていたご質問コメントの続きを見ていく感じですね。 今回も、触れておきたかったポイント満載のナイコメ、心よりお礼申し上げたい限りに存じます…！ あぁ…イオン…自分は恐らく何度聞いてもイメージ出来ることは無いと思われます…。 「H2O ⇔ H＋ ＋ OH－」 これを見ても、なるほどとも思えず、、もちろん『H＋が2つ ＋ O2－』とはならんの？と思いつくこともなく… ただ、ひとつ発見がありました！！ 「物質が陽イオンと陰イオンに分かれることができるのは、液体の中に限られる…」ということ、、これは、あ、そーなの？っていう感じですね。食指がピクリと(ほんの少しだけ笑)動きまし…
早速ご質問の続きに参りましょう。 こちらももちろんおなじみ、アンさんよりいただいていたコメントからの抜粋になります。 毎度大変面白い着眼点のナイコメ（ナイスコメント）、誠に感謝の限りです…！ あ、あと、アルカリ性は灰の意味からきてるということでしたが、 運動場に白いラインを引くラインパウダーっていうんですかね…？あれが石灰というのは昔どこかで仕入れていた情報なんですけど、そうすると、あれはアルカリ性ということになりそうですよね？ そして、あれが水酸化カルシウムや炭酸カルシウムというのも何気に記憶にあって(うろ覚えですが)… ということは、「酸」とついても酸性ってことはない…？っていう疑問は、、…
今回もまた、ベーシック（塩基）な話にまつわるご質問に触れていく形です。 例によってこちらもアンさんよりいただいていたコメントからの抜粋ですが、何度か書いていた通り、ご質問をいただいてから既にその後別口で触れていた話を含むため、今回の最初は、こないだ平衡の話（→お酢も、お酒も同じだよ）で既に見ていましたが、せっかくなので復習がてらこちらも見ていこうと思います。 水でない液体…エタノールが例に挙がっていましたが、エタノールはpH9.4が中性で、酸性でもアルカリ性でもない…っていうか、エタノールにも酸性エタノールやアルカリ性エタノールがあるということですよね？ うーん…何もピンときませんねぇ。とりあ…
それでは引き続き、アンさんよりいただいておりましたベーシック（塩基）系のネタに関するご質問に触れてまいりましょう。 同じ記事へのコメントで複数のご質問が含まれている場合もありますが、今回は分かりやすくポイントずつ順番に見ていこうと思います。 そもそも真水の定義って何ですか？ 水素イオンの量によって水も酸性になったりアルカリ性になったりして、pH7は水素イオンの量(濃度)がまぁこれくらいとかいう目安みたいなのがあって、その時の水を真水っていうみたいなこと、、だとしても、 真水でない水はH2Oではないんですよね？ そうなると、それは最早水じゃなくないですか？ ⇒真水の定義については、ちょうどこのご…
あんまりベーシックではなかったかもしれない、やや高度な化学平衡の話（といっても、平衡の中ではベーシックレベルな、ほんのサワリ程度のものでしかありませんでしたが）を前回・前々回あたりで見ていました。 これ以上複雑な話になってもおもんないだけなので（既に全然おもんなかった可能性も否めないものの(笑)）、その辺の話はひとまずそんな所にして、今回からはまた一連のベーシック・塩基・pHやらを見ていた最近の記事にいただいていたご質問を振り返ることで、掴みにくいポイントの理解を深めて参りましょう。 大変ナイスな着眼点のご質問は、例のごとくアンさんよりいただいたものになります。 いつも本当に温かく丁寧なコメン…
唐突に見始めていたベーシックなピーエッチシリーズ、前回は「水、H＋ (水素イオン) 濃度と OH－ (水酸化物イオン) 濃度とを掛け算したら、どんな時でも絶対同じ数字になるんすよ」なんてことを書いていました。 割と高度な話で、ベーシックからはかけ離れていた気もしますが、pHを語る上では欠かせない話……って程でもよく考えたらないかもですけど(笑)、色々見えてくるものが広がるかもしれない可能性を秘めた、興味深い話だといえましょう。 なお、この「イオン濃度を掛け合わせたら数値は必ず一定」は、あくまで水のような「一部がイオンに分かれ、一部（水の場合は圧倒的大多数ですが）は分子のまま」みたいな、分子とイ…
前回は、やたら大きい数や小さい数が出てきて何かキモい感じであった、「水分子の個数」や「イオンになる割合」を計算して見ていました。 結論をおさらいしておくと、例えば3マイクロリットルの水滴（ちなみにこれは、ちょうどすぐに乾いてなくなっちゃいそうな、かなり小さな水滴1粒ぐらいですね。生命系の実験で一番よく使う範囲のボリュームなので、僕なんてもう見ただけで分かりますよ、「あ、この水滴は5.6マイクロリットルだね」とか！（…ってまぁ流石にそこまで細かくは分かんないですけど(笑)））であれば、水分子は約1000京(けい)個存在しており、pH 7.0の中性真水であれば、その内約5.5億個につき1個の割合で…
スラング「basic」（意味：おもんなさすぎるヤツ）の補足記事で、「basic」には「アルカリ性（塩基性）」という意味もありますと書いたばかりに始まっていたベーシック・pH・イオンシリーズの記事、ここ何回かは漠然としたイオンというものの何たるか、およびそのイメージみたいな話をしていましたが、あんまり言う程イメージを思い描く助けになっていなかった気もするものの(笑)、順にもうちょいカッチリした話へ移っていこうと思います。 （大体高校以降の多くの学問チックな話は、ちょっと進めて見ていくと、その前までよく分かんなかった話がいきなり霧が晴れたように分かるようになったりするものです。 …まぁ、晴れないま…
早速、イオンにまつわるエトセトラな小話を進めて参りましょう。 前回の記事では、「水素イオンとかよく聞くけどさ、結局こいつは何物なのさ？ピンセットでつまんで『これがH＋だよ～』みたいに言える、実体をもったものなんけ？色は？形は？味は？分かりやすく教えろやオラァン」みたいな話を残して終えていました。 まぁこの辺は、誰しもが中学でイオンとやらを習ったときに疑問に感じる謎だと思うんですけど、分かりやすく説明が可能だったら疑問がモヤモヤ残ったままの人なんているはずないわけで、ほとんどの人が結局何のこっちゃよぉ分からんまま大人になりそのまま死んでいく以上、やはり中々「水素イオン、完全に理解した…」と思える…
まぁイオンなんて小さすぎて噛み砕くことなどできませんけど(笑)、一連のbasic・pHなどの話の続きで、今回は「なぜ水はpH 7が中性なのか？」という部分に触れていこうと思います。 イオンとともに、数字と化学式も登場してくるので、慣れない方には何とも見ててムカムカしてくる話かもしれないものの(笑)、なるべく分かりやすく説明を試みてみたい限りです。 どこから話し始めるのがいいか悩みますが、そうですね……先述の通りpHというのは液体に備わった概念というか性質の一種であり、液体といえばもちろん誰がどう考えてもこの地球上での主役は水ですから、結局pHは水のことを考えることが多いということで（もちろん、…
ピーエッチのお話、中途半端な所で前回は終わってしまっていましたが、今回は早速その続きからですね。 まだ一通り見終えていなかったため、ネタ元とさせていただいております、アンさんより賜ったコメントを再掲する所から始めさせていただきましょう。 pHって何だ？…はい、それ、めっちゃ思ってましたね。 エッチは水素イオンですか、、まぁ妥当ですよね、それは笑(苦手なイオンですけど) 水素イオンの濃度…なるほど。 pHの数字が大きいとアルカリ性で、小さいと酸性でしたよね。で、『pH 7のお水なら、水素イオンが、1リットルあたり「1/107＝0.0000001モル」含まれている…』ということは…？ 水素イオン濃…
前回まででbasic記事へのご質問を一通り見終えていたので、続いてはこないだのBTTB記事（…ってこれも「バック・トゥ・ザ・ベーシック」でbasic記事ですけど(笑)）にいただいていたご質問に参りましょう。 改めて、こちらはアンさんよりいただいたコメント（ご質問部抜粋）ですね。 毎度本当にご丁寧で面白いコメント、深謝の至りにございます！ pHって何だ？…はい、それ、めっちゃ思ってましたね。 エッチは水素イオンですか、、まぁ妥当ですよね、それは笑(苦手なイオンですけど) 水素イオンの濃度…なるほど。 pHの数字が大きいとアルカリ性で、小さいと酸性でしたよね。で、『pH 7のお水なら、水素イオンが…
basicという言葉に端を発する謎のケミカルコーナーが続いていますが、幸いまた新たにご質問をいただいていたため、粛々と進めてまいりましょう。 前々回の、pHという語についてちょろっと説明を加えていた記事に対するご質問コメントを見ていくつもり……だったんですけど、最近の記事で何回かにわけて見ていました、それ以前にいただいていたご質問について、前回の記事をよく見たら、洗剤とか誰も聞いてない話に逸れていたせいで(笑)、全然まともに答え尽くせていなかったことに気が付きました。 そんなわけで今回もまずは、こないだから見ているコメントの続きに再度触れる所から見ていこうかと思います。 改めまして、コメントは…
脱線続きですっかり先延ばしになってしまっていた、中途半端に触れた状態のままにあったご質問コメントの再開ですね。 何度も貼っていますが、アンさんよりいただいていたコメントを改めて再掲する所から始めさせていただこうと思います。 basicがアルカリ性って、、アルカリ性は流石にアルカリでしょ…って思ったら、「アルカリ性」という日本語を英語で言うとbasicというよりは、アルカリ性のものを英語でbasicという、みたいな感じなんですかね？(わかりにくい笑) ちゃんとalkalineという英語もあるようですし。 塩基性の基は基本の基ということですか？対をなす酸性の方が特異みたいなイメージ？ だから塩基性…
引き続き、中途半端な状態で終わっていたbasicネタに戻っていこうと思います。 「basicネタに戻ろう」ということで、パッと浮かんだのはBTTBという略語（頭字語）……こちら、僕が初めて知ったのは、ついこないだ鬼籍に入られてしまった坂本龍一さんによる、美しすぎるピアノ旋律の名曲「energy flow」収録の名盤「ウラBTTB」だったんですけど、これはback to the basicの略ですね。 （一応、「basicネタに戻ろう」なんてダサい感じではなく(笑)、「原点回帰」というカッコいい訳語（そして英語の場合back to the basicsと、複数形が普通）ですが、意味としてはまさに…
それでは予告通り、basicネタ(↓)にいただいていたご質問に触れていこうかと思います。 con-cats.hatenablog.com …と、ひとつその前に、前回の「エッチ」ネタで触れ忘れていた点からまず触れておきますと、そもそもの性的好奇心の強い人・惹起するもの・または行為そのものを指す「H」という表現、一体こいつの由来というか語源というか、どういう理屈でそういう意味になるのかという話は、僕は調べてみるまで知らなかったんですけど、案外ご存じない方もいらっしゃるのではないかと思います。 いつそんなことを調べてみたのかはハッキリと覚えていないものの、インターネットじゃないと中々そんなことは載っ…
…と、何とも釣りのような記事タイトルで恐縮ですが、前回の記事で話を広げ損ねていたbasicネタに関して何か書くことはないかなぁと考えていたら、またひとつ、ちょいと昔の思い出話を絡めて触れてみようと思える話が見つかったので、今回まずはそちらから語っていこうかなと思います。 今回は中学の頃の同級生についてのエピソードで、正直あんまりその彼は関係ないものの、例によって記事水増しのために(笑)、その子について話す所から始めさせていただきましょう。 仮の名前はそうですね……目がギョロっとしてるタイプだったので、「目がギョロっとしたタイプの芸能人」で検索したら出てきた、相島一之さんが、「あ、あの彼が成長し…
引き続き、以前の記事にいただいていたご質問を含むコメントを振り返っていこうと思います。 今回はこちら(↓)、basicというベーシックな単語のスラング用法について見ていたこの記事ですね。 con-cats.hatenablog.com コメントは先刻ご承知、アンさんよりお送りいただいたものになります。 毎度、筆舌に尽くしがたい感謝の念に堪えません…！ basicは、なんとなくですが、悪い意味で使うとは思えなかったですねぇ。基本的なという意味だとわかった上でも…普通に、一般的な(general？)とか、通常の(normal？)とか、そんなような言葉と感覚的には同義かと思ってました。 そもそも日本…
前回の記事では「YES」という語についてちょろっと脱線的に話を広げていましたが、そこで「YES」の別の言い方について見ていた際、1つ思い出した話がありました。 それがズバリ、記事タイトルにもしました、「出欠確認の場面で『ハイ！』と応じる場合、英語では何と言うのが普通なのかな？」という点になります。 実はこれ、個人的に実際疑問に思ったままそういえば放置していたことでして、僕が大学1年のとき、英語の講義で……自分が英語の講義なんて選択するわけがないので必修だったと思いますが、割と少人数体制の講義で、クラスを半分とかに分けて行われる授業だったように記憶しています。 また、必修の講義でも、Intens…
