ImageJで細胞や核内のシグナルを半自動定量

前回の記事で細胞の自動カウント方法を書きました。 しかし、実際の細胞のカウントでは、核の数を数えたい場合だけではなく、核が染色されるマーカーと組み合わせて数を数えたいなどの場合が多いです。 じゃあそっちのシグナルで Analyze Particleすればいいんじゃないの？と思うかもしれないですが、核の形に強いシグナルを示す細胞だけがある場合はそれでいいかもしれませんが、薄いシグナルを示す細胞もたくさんある、…

ImageJで細胞を自動カウント

細胞をカウントするというのは細胞や個体を扱う生物学系の研究でとてもよくある作業です。 過去記事では手動カウントするときに便利な機能を紹介しました。 しかし、やはり手作業でカウントするのは非常に面倒くさい。 そこで自動カウンティング方法を紹介しておきます。 これはanalyze particleプラグインを用いた…

100記事目を迎えた雑感

休止して、再開してを繰り返していたけれど、ついに100記事目になりました。 最初は純粋に論文の論文の紹介ブログにしようと思っていたんですけど、 科学ニュースの記事について軽く触れる記事を書いたり、 ラボ生活に関することを書いたり、 画像解析ソフトについて書いたり、 実験のtipsを書いたり、 まとまりのない感じですが、 一応論文紹介が半分以上を占めています。

ImageJでオリンパス顕微鏡のファイルを読み込む

顕微鏡画像を取得したあとは、適切な画像ファイルにして整理、保管、データ化しなければなりません。 しかし、面倒なのは、顕微鏡会社ごとに顕微鏡画像のファイル形式が異なっていることです。 基本的に顕微鏡画像は、画像を取得した時の顕微鏡のセッティング情報などとひとまとめになった形式になっており、ライカであれば .lif オリンパスであれば.orf といった独自の拡張子になっています。 そのため、顕微鏡をしよ…