【脳MRI画像解析ケーススタディ】施設間差の評価 ～拡散定量値の観点から～

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 背景 準備 解析手法 1. JHU atlasをSiteAデータに位置合わせ 準備 ソースコード 結果 2. 絶対差マップの生成とJHU atlasを用いたサンプリング 準備 ソースコード 結果 3. 脳領域ごとに絶対差を図示 準備 ソースコード 結果 目的 多施設MRIデータに含まれる施設間差（MRI装置・撮像条件）の評価 施設間差補正後の評価 拡散定量値を用いて、施設間差を評価 背景 多施設で取得されたMRIデータは、施設ごとに異なる撮像装置および撮像…

【Python】DICOMのソート処理

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 ソースコード : dcm_sconv.py 使い方 目的 様々なSeriesDescriptionで撮像されたDICOMデータを、SeriesDescriptionごとにフォルダ分け DICOMをNIfTI変換 Pythonで実行 準備 PythonでDICOMを扱うために、pydicomを用いる。 pip3 install pydicom ソースコード : dcm_sconv.py ソースコードは、次の通り。 以下のファイルを「dcm_sconv.…

【Slack API】自動いいね・ダイレクトメッセージ・投稿収集

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目的 準備 アクセストークンの取得 SlackチャンネルIDの確認 Slackのあるチャネル内の投稿に、自動いいね 使用するAPI コード 使用するAPI コード Slackから投稿コメントを一括収集 使用するAPI コード 結果 目的 Slackのあるチャネル内の投稿に、自動いいね Slackで自動ダイレクトメッセージ Slackから投稿コメントを一括収集 準備 アクセストークンの取得 Slack APIを使用するためには、アクセストークンが必要である。次の手順で、アクセ…

【脳画像解析ケーススタディ】超解像AIの評価 ～大脳皮質解析の観点から～

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 準備 解析手法 1. 皮質厚計測 準備 実行 結果 2. 皮質厚評価 準備 実行 結果 各大脳皮質の分布：data_hist?.png Ground truthに対する相対誤差：Relative_error_in_cortical_thickness.png 平均二乗誤差（MSE）と平均絶対誤差（MAE）：MSE_MAE.csv, MAE_result.png, MSE_result.png Ground truthからの絶対差に対する検定：indepen…

【Python スクレイピング】投稿論文情報とインパクトファクターIFを取得

動かしながら学ぶ PyTorchプログラミング入門作者:斎藤勇哉発売日: 2020/11/30メディア: Kindle版 目次 目次 目的 背景 方法 ① researchmapから、投稿した論文情報を取得 ② 雑誌のインパクトファクターIFを取得 ③ ①と②を結合して、投稿した論文とインパクトファクターの情報が載ったCSVを出力 目的 researchmapから、投稿した論文情報を取得 雑誌のインパクトファクターIFを検索・追加し、CSVで出力 背景 「学術雑誌等に発表した論文・著書のうち、主なもの（過去5年間）を記載せよ。」 投稿した論文はたくさんあるけど、IFが高くて最近の論文はどれだろ…