昨年DC1に採択されて、今年は他の方の申請書を10本ほど添削しました。本記事では、他の人の書類を読んだ目線も加えて、申請書に差がついたポイントを4つ挙げて分析し、差をつけるための準備について考察します。 差がついたポイント 1. 研究計画の完成度、申請者の貢献度 2. 予備データ 3. 業績 4. 自己分析パートの独自性、研究との関連性 他の申請者と差をつけるための準備（ラボ選び、人脈、運要素もあり） 1. 研究計画の完成度、申請者の貢献度 単純に研究計画がきれいに書けているか、ということです。ロジック・分かりやすさ・インパクトで差がでやすい印象でした。私自身もそうでしたが、最初からうまく書け…

OISTの博士課程に所属して3年目になったので、これまでの流れをまとめてみます。 目次 主な登場人物 1年生 2年生 3年生から5年生 公式に載っていなさそうなQ&A 主な登場人物 メインの指導教員 (Thesis Supervisor): ローテーション終了後から4年間所属する研究室のPIの先生を指します。 メンター (Academic mentor): 在学中に何でもアドバイスをしてもらえる先生です。 ローテーションの指導教員: ローテーション期間中にお世話になる先生です。 Co-supervisor またはThird Committee Member: あなたの研究についてアドバイスをく…

結論から言うと、抗アポトーシスタンパク質であるBCL-2の阻害剤によるがん細胞の死滅には、ミトコンドリアの断片化が必要で、このプロセスはERタンパク質のKDによってキャンセルされるということを示したプレプリント。 本日は ER shaping proteins regulate mitochondrial fission, outer membrane permeabilization and apoptosis という論文で、イギリス Departments of Molecular and Clinical Cancer Medicine, University of Liverpool …

結論から言うと、FAM134Bはオートファジー制御因子LC3/GAVARAPと結合してER-phagyを促進すること、FAM134Bの変異では、ER-phagyの不全によりストレス誘導性の細胞死が起こり、感覚神経の変性を導くことを示した論文。 本日は Regulation of endoplasmic reticulum turnover by selective autophagy. という論文で、ドイツ Institute of Biochemistry II University Hospital Frankfurt Goethe University の Dr. Ivan Dikic …

結論から言うと、CTLやNK cellは脂質の流動性を下げることでperforinの膜への干渉を防ぎ、PSを露出させることでperforinを不活化していることを示した論文。 本日は Lipid order and charge protect killer T cells from accidental death. という論文で、オーストラリア Killer Cell Biology Laboratory, Peter MacCallum Cancer Centre の Dr. Ilia Voskoboinik のグループ。（どういったラボ？→*1）による研究。（論文サイトへのlink→*…

結論から言うと、ER膜の形態変化にはイオン濃度の恒常性が大切で、「Ca2+ホメオスタシスに影響を及ぼす化合物がER膜形態をよく変化させること」、「thapsigargin依存性のER形態変化には細胞外Ca2+やNa+は不要であること」、「BCL-2依存性のER形態変化には、Na+チャネルが必要であること」を示した論文。 本日は A novel cellular stress response characterised by a rapid reorganisation of membranes of the endoplasmic reticulum. という論文で、イギリス Departm…

5月11日から5月31日の間で読んだ/積読したおもしろそうな論文のメモ。 ALS原因変異をもったFUS、ミトコンドリア（mt）タンパク質をコードするmRNAに強く結合その結果、mtタンパク質の量が低下、mt機能も低下変異FUSは特定の配列を認識しないが、単にFUSとmt-mRNAの局所濃度が上昇するだけで結合してしまうのではないか（Genes&Dev 誌より）https://t.co/7dsn3jBdr5 — Kazu Asakawa (@Kazuh_ideA) May 12, 2020 Naked mole-rat very-high-molecular-mass hyaluronan ex…

結論から言うと、CaMK2BがFAM134Bをリン酸化することで、FAM134Bがオリゴマー化することが、ERファジーに必要であることを示した論文。 本日は「FAM 134B oligomerization drives endoplasmic reticulum membrane scission for ER-phagy (FAM 134Bのオリゴマー化が小胞体膜の切断を促進し、小胞体のファジーを促進する)」という論文で、中国 Department of Biochemistry, Department of Cardiology of Second Affiliated Hospital…

結論から言うと、アポトーシス亢進タンパク質であるBaxは、ERストレス誘導剤であるthapsigargin処理によってER膜に転移し、ER内タンパク質が細胞質に放出されることを示した論文。 本日は「Bcl-2 proteins regulate ER membrane permeability to luminal proteins during ER stress-induced apoptosis (Bcl-2タンパク質は、ERストレス誘発アポトーシス時にER膜透過性を制御している。)」という論文で、米国 Departments of Medicine, Molecular Targets…

結論から言うと、apogossypol という薬剤によりERに凝集様の形態変化を誘導すると、ミトコンドリア分裂やアポトーシスの誘導が一部阻害される、ということを示した論文。 本日は「Apogossypol-mediated reorganisation of the endoplasmic reticulum antagonises mitochondrial fission and apoptosis (Apogossypolを介した小胞体の再編成がミトコンドリアの分裂とアポトーシスを抑制する)」という論文で、イギリス Departments of Molecular and Clinica…

結論から言うと、オルガネラコンタクトサイトに存在するタンパク質を特異的にラベルするContact-ID 法を開発した論文。 本日は「Contact-ID, a tool for profiling organelle contact sites, reveals regulatory proteins of mitochondrial-associated membrane formation (オルガネラの接触部位をプロファイリングするツール Contact-IDが、ミトコンドリア-小胞体間コンタクトサイトの形成を制御するタンパク質を明らかにする)」という論文で、韓国 Department …

結論から言うと、アポトーシスの直前、小胞体のCa2+量枯渇に依存してカルレティキュリンという小胞体タンパク質が細胞膜表面にさらされることを示した論文。 本日は「Reduction of endoplasmic reticulum Ca2+ levels favors plasma membrane surface exposure of calreticulin (小胞体Ca2+レベルの低下はカルレティキュリンの膜表面露出を促進する)」という論文で、フランス Centre de Recherche des Cordeliers の Dr. G Kroemer のグループ（どういったラボ？→*1…

結論から言うと、脳海馬スライスの神経では、KCl刺激によるCa2+流入よって、ERが断片化することを示した論文。 本日は「Potassium-induced structural changes of the endoplasmic reticulum in pyramidal neurons in murine organotypic hippocampal slices. (マウス海馬のスライスにおける錐体ニューロン内ERのKCl刺激による構造変化。)」という論文で、スウェーデン Laboratory for Experimental Brain Research, Department …

結論から言うと、p53はERとミトコンドリアのコンタクトサイトに局在し、ER へのCa2+取り込みを促進する。Ca2+濃度が高くなったER は、MAM を通してミトコンドリアにCa2+を伝達し、ミトコンドリア内のCa2+が過剰になる。これによりアポトーシスが誘導される。以上の経路の存在が示唆された論文。 本日は「p53 at the endoplasmic reticulum regulates apoptosis in a Ca2+-dependent manner (小胞体のp53はCa2+依存的にアポトーシスを制御する)」という論文で、イタリア Department of Morphol…

結論から言うと、DNA 損傷によりp53 が活性化すると、REEP1/2 の発現上昇による滑面小胞体の増加、EI24 の発現上昇によるER-ミトコンドリア間MCS の形成促進が誘導される。その結果ER からミトコンドリアへのCa2+移動が促進されアポトーシスが誘導される、ということを示した論文。 本日は「DNA damage triggers tubular endoplasmic reticulum extension to promote apoptosis by facilitating ER-mitochondria signaling (DNA損傷は滑面小胞体の伸長を誘発し、ER-ミ…

結論から言うと、mRNA がリボソームに依存せずにER 局在化する経路が存在し、このプロセスにはp180 というタンパク質が必要であることを示した論文。 本日は「p180 Promotes the Ribosome-Independent Localization of a Subset of mRNA to the Endoplasmic Reticulum (p180はリボソームに依存しない小胞体へのmRNAの局在化を促進する)」という論文で、カナダ Department of Biochemistry, University of Toronto の Andrea Daga のグループ（…

結論から言うと、レティキュロン (reticulon) というタンパク質によってダイナミックなER膜の収縮と分裂が起きていることを示した論文。 本日は「Dynamic constriction and fission of endoplasmic reticulum membranes by reticulon (レティキュロンによる小胞体膜の動的収縮と分裂)」という論文で、イタリア Scientific Institute, IRCCS E. Medea, Laboratory of Molecular Biology の Andrea Daga のグループ（どういったラボ？→*1）による研…

結論から言うと、ERの形態を制御するBCL-2ファミリーや複数の化合物を同定し、ERの形態を変化させると、hERGというチャネルの分布が変化し、hERGが担う機能が細胞全体として低下することを示した論文。 本日は A novel cellular stress response characterised by a rapid reorganisation of membranes of the endoplasmic reticulum. という論文で、イギリス Department of Biochemistry, University of Leicester の Dr. Gerald …

5月1日から5月10日の間で読んだ/積読したおもしろそうな論文のメモ。 神経シグナル伝達、シナプス小胞の形成・放出サイクルのエネルギー（ATP）消費が主小胞サイクルの阻害で、ATP濃度倍増。活動電位のイオンチャネル阻害は濃度変化、微小ラット培養海馬ニューロンのシナプス末端でATP、およそ1.4mM、ルシフェラーゼで測定（Cell 誌より）https://t.co/uQlcfXglAQ — Kazu Asakawa (@Kazuh_ideA) May 3, 2020 .@TJ_MeliaLab, Alf H. Lystad, and @simonsen_lab review the molecu…

結論から言うと、表皮幹細胞や皮膚組織などの伸縮刺激を受ける細胞群では、機械刺激に応答して、Piezo1, Caシグナリングに由来するH3K9me3のメチル化レベルの減少が生じる↓これによってクロマチンの流動性が上昇し、核膜の張力が減少するため、核が軟化する↓機械刺激が分散することでDNA損傷が防がれる、ということを示した論文。 本日は「Heterochromatin-Driven Nuclear Softening Protects the Genome against Mechanical Stress-Induced Damage (ヘテロクロマチンを介した核の軟化は機械刺激による損傷から…