ひたすら自己紹介を続けて、いいお相手に巡り会えるのを待つブログ

サーモンのDNA！

前回はいきなり「フィギュアぶっかけ」的な、何かヤバいというかキモい話を展開していましたが、あれは、スパームに含まれるDNAが光っているのではなく、恐らくタンパク質が光っているのだと思われます…などと書いていました。 しかし、DNAやRNAは普通に一か所に集まると光ることもあるんです、信じてください何でもしますから……とそこまで懇願するほどでもないしそこまでは言ってませんでしたけど(笑)、実際「RNA光るもん！ボク見たもん！」と、メイばりに駄々をこねたくなるぐらいには、何度も目にしていることなのでその謎にも触れていきたい所ですが…… 慢性的な多忙につきイマイチ調べる時間もなく、いいソースは見つか…

2024/01/31 13:00

DNAは光るのか？

前回の記事(↓)では、エタ沈にまつわる補足小話として、「エタチンメイト」という、DNAを絡みついて溶液から落としやすくしてくれるお役立ち分子の紹介をしていました。 con-cats.hatenablog.com リンクカードを再掲しましたが、記事の最後では、「色付きのメイト（＝相棒、仲間、友達って感じの意味ですね）もあります」などと書いて写真も載っけていたものの、時間不足につき何も触れずに終わってしまっていました。 一部の表示で分かりにくいものの、↑のリンクカードのサムネイルでもきちんとチューブの底のDNAだけは表示されていますね、ズバリ、DNAにピンクの色がついて大変見やすくなるということで…

2024/01/30 13:00

エタチンの友

Youtube動画の力をお借りして、フェノクロ・エタ沈という生命科学系実験の基本中の基本にして最もよくやられるレベルの実験手法を一通り紹介していました。 一部補足したい部分もあったっちゃあったので、画像は省略してキャプションについていた説明文を残す形で、全体の流れだけ再掲するといたしましょう。 （流れ的に必要な部分は、数字の後のステップに少し追加しました） 1. サンプル＝細胞懸濁液を用意する Add 700 μl lysis buffer into cell pellet and resuspend cells ＝700マイクロリットル（0.7 mL）の溶解液を細胞のカタマリに加え、細胞を懸…

2024/01/29 13:00

エタチンの実際（後半：沈めて落とす！）

「ピュアなDNAをゲットしたい―」…そんな声にお応えして見始めていた「誰でもできるDNA精製実験」のコーナー（一言もそんな声は届いてませんが(笑)）、実験室では今でもよく使われる手法として、「フェノクロ・エタ沈」という手技を紹介してくれている動画（の内、ちょうど前半にあたる、フェノクロステップ）を前回の記事では見ていました。 まぁフェノクロ処理は、毒劇物であるフェノール＆クロロホルムを使うため家庭では中々できないわけですけど、これは「DNAの綺麗さ」（＝これを行えばDNAが輝くみたいな、分子の美しさとかそういうわけではなく、「他の分子の混入が少ない」という意味の綺麗さ、いわば「純粋さ」、より専…

2024/01/28 13:00

フェノクロの実際（前半：混ぜて分ける）

唐突に始めていた「DNAを見てみよう」のコーナーから、唐突に深入りしていたフェノールについて、前回までで「なぜフェノールと混ぜることでDNAだけ選択的に取り出せるのか（タンパク質は上手いこと除けるのに）」という点を簡単に説明していました。 文字だけで分かりづらかった中に、解説サイトのイラストもあって中々分かりやすいものになってくれたのではないかと思いますが、さらに分かりやすいものとして、実際のフェノクロ処理と、更にはその次のDNAを可視化する（まぁ目的では見ることではなく、沈殿として沈めることですが）エタノール沈殿、通称「エタ沈」（英語なら、ethanol precipitationを多少略し…

2024/01/27 13:00

なぜDNAは死なないのか？

前回は、フェノールという薬剤がなぜタンパク質を破壊できるのかという点について、ざっくりとした説明を並べていました。 結局、フェノールという物質は「水と油の関係性」を完全にひっくり返し、普段水中に存在する形で最適化されてるタンパク質分子（＝親水部は外側に露出し水と接し、疎水部は内側に集まって水から隠れるという形が基本）の構造を完全に裏返すことで、二度と戻らないレベルで形をそっくり変えてしまうため……ってのがその理由というか仕組みという感じでした。 そうすると、「じゃあ同じく分子の中に親水部と疎水部がある洗剤は、なぜ触っても平気なの？」という話に思えるかもしれませんけど、これは、一つには分子の反応…

2024/01/26 13:00

フェノクロ！

引き続き、無駄に細かく見ています「お家で細胞からDNAを取り出そう」シリーズ、「洗剤を加えた塩水」というDNA抽出液の後半戦…に行く前に、せっかくなので前回触れていたフェノールについて、もうちょい詳しく触れる所から参りましょう。 前回のおさらいですが、より高品質なDNAを得るために、家庭での簡易実験ではない、研究室レベルでのDNA精製には、古くからフェノールが使われてきました。 フェノールは見事にタンパク質を破壊し、上手いことDNAとタンパク質を分離することができるという便利な代物なわけですけど、当然、「タンパク質を壊す」というのは、タンパク質のカタマリである人間にとっては凶器となるもので、実…

2024/01/25 13:00

油の次は、タンパク質をぶっ壊そう！

「お家で細胞からDNAを取り出そう」シリーズ、前回からようやく具体的な方法について見始めており、まずは細胞を漬けてDNAを抽出するための溶液＝「洗剤入りの塩水」の、洗剤の意味に触れていました。 ごく簡単におさらいだけしてみますと、洗剤というのは、（前回はややこしいことをアレコレ語ってましたが）あえて分子レベルの話などせずとも、小学生でも直感的に知っている通り、「油を分解する作用」があるわけですけど、細胞というのは何てことはない、主に脂質を主成分とする膜で囲まれることで形を維持しているものですので（特に、遺伝子DNAがコンパクトにまとまって格納されている核も、核膜でしっかり囲まれて守られています…

2024/01/24 13:00

洗剤で破壊しよう！

前回の記事では唐突に、「な～んかこういう体験型実習って、あんま意味なくないっすかぁ？」的なことをグダグダと語っていました。 「いやそんなこといきなり俺らに言われましても……企画者じゃないを通り越して、参加したことすらないんですが……」 …って話の極みで、他にも「こういう点、『何でそうなるの？』って気になりますよね？！」みたく、さも誰しもが疑問に感じて苛立つかのような口ぶりで勝手に憤っていたものの、これも正直「いや、全く気になりませんが(笑)」って話だったかもしれません(笑)。 まぁ全体的に独りよがりな話になってしまっていたなぁ、と、書き終えてから反省していたのですが、とはいえ記事タイトルに据え…

2024/01/23 13:00

失敗させてよ！

染色体の話から派生して、「DNAは簡単に目で見ることができます、具体的にはこう」などという感じで、子供科学体験教室のみならず、家庭でも簡単にできるDNA抽出の方法を、ブロッコリー・バナナ・自分の口の中の粘膜という3つの異なる材料で実施している実験を紹介していたのが前回の記事でした。 ごく簡単に、使う材料と、あとは結果の写真なんかをお借りしてペタッと貼っていただけで、「各ステップの詳しい中身というか仕組みについてはまた追って触れてみましょう」という感じで今回に続く…という形だったわけですけど、まぁ正直言うと、こんな実験、「家庭でできる」と言っても絶対誰もやらないし、詳しい仕組みなんて一切これっぱ…

2024/01/22 13:00

DNA、ゲットだぜ！

前回の記事では改めて「染色体・DNAの数」について簡単な数字いじりをしながらまとめていたましたが、結論だけ再掲しますと、染色体1本は平均1.4億塩基がつながってできたDNAから出来ており、細胞1つには46本の染色体が含まれており、人間ひとりには約37兆個（60兆個と言われることもありましたし、これは正確な数字は分からない（というか定まってない）レベルですけど、まぁ数十兆個ですね）の細胞から出来ている……ということで、ちょうどこの3つの数字を掛け合わせていくことで、「何あたりの」という次元がひとつずつ大きくなり、「人間1人あたりに含まれるDNAの塩基の数」が求まるわけですが、これはざっくりした計…

2024/01/21 13:00

僕らはいくつのDNAでできてるの？

一連のDNA・染色体シリーズ、前回は唐突にプリン体の謎に迫った形（というほど何の謎にも迫っておらず、ただ「実際どういう分子なのか」を見てみただけ）でしたが、染色体へと話を進める前に、もうちょいDNAに関して脱線できそうなネタが浮かんだので、今回もそちらに逸れてみようかと思います。 まぁもう何回も貼っている、「純粋なDNAが形となって現れた状態」のサムネイル画像がこちら(↓)ですけど… con-cats.hatenablog.com もう語り終えた話かと思いきやもうちょっとだけ擦ると、写真右側の試験管の液体中に漂うDNAは、まぁ大体3.3ミリグラムぐらいのものと仮定して、 「1.4億塩基ぐらいの…

2024/01/20 13:00

プリン体とは一体何者なのか？

前回の記事では、こないだの記事(↓)で画像付きで触れていた「生の純品DNA」が、一体どのぐらいの数の塩基からできているのか、概算でチェックしてみるなどしていました。 con-cats.hatenablog.com 改めて実際の絵があった方が分かりやすい気がしたので、小さなサムネイルですがリンクカードをまたペタッと貼りましたけど、このような白いモヤモヤがまぁ、液体の中に漂っているので「ちょっと湿り気のある（というか濡れた）DNA」であり、乾燥させたらもっと透明に近い、何というかフィルム状の物質になることが多いのですが、とはいえそれは少量だからそうなるのであって、大量にあったらまぁ、半透明だけど多…

2024/01/19 13:00

このDNAは何個つながって出来ているんだい？

「具体的に姿を見ないとイメージも湧きませんよね」とか言いながら、「DNAというものがどんな見た目をしているのか」を紹介していたのが前回の記事(↓)でしたが、ただの白いモヤモヤという情報量ゼロすぎる物体で、よぉ考えたらあんなのを見たところで何か遺伝に関する理解が進むわけはなかったような気もしてきました(笑)。 con-cats.hatenablog.com ということでもうちょい補足から入ってみますと、前回画像で見ていた白モヤのDNA、まぁ実際測ってみないと正確には分かりませんが、経験上、あれぐらい大きな沈殿ですと、前回も書いていた通り恐らく数ミリグラムはあるように思えます。 どんな画像だったか…

2024/01/18 13:00

DNAの見た目は？

前回の記事ではこれまた唐突に、分子生物学・遺伝学入門のニュ（いやそれは「基本のキ」でしか使わない言い方で、何かおかしいだろ(笑)）的な話として、DNAの関連用語のおさらいをしていました。 長々と書いていた割に、ほぼ文字だけだったこともあり結局あんまりハッキリとは何のこっちゃよく分からなかった可能性が高かったかもしれません。 そんなわけで、DNA・染色体などについて改めてもうちょい補足説明を続けてみようと思うのですが、結局の所この辺の分子レベルの話は「（めちゃくちゃ小さすぎて）目に見えない」ってのが諸悪の根源であり、見えないものを想像しろだなんて言われてもそんなのは土台無理な話だといえましょう。…

2024/01/17 13:00

（おさらい）遺伝子や染色体について死ぬほど分かりやすく…

「X染色体について知っておこう」シリーズ（別にそんなシリーズでもなかったですけど(笑)）、前回はターナー症候群について触れていました。 こちらは、XO（前回引用していた記事によると、「X0」と書く方が普通なのかもしれませんが、僕はXO（ゼロではなくてオー）と習った気もします）という性染色体型で、要はX染色体が1本欠けている人のことであり、オスを決定づけるY染色体がないから当然とは言えるものの、外見などは完全に普通の女性と変わりないということを、写真付きで紹介させてもらっていた感じですね。 ターナーから続いてもう少し他の脱線ネタへと続ける前に、前回「遺伝子・染色体の数というのは、普通の細胞では『…

2024/01/16 13:00

「働かない」のと「存在しない」のは違う

前回は、具体的な数字を使ったX染色体不活性化時期の推定と、不活化メカニズムに関する研究紹介の2点をまとめていたのですが、記事初稿、ここ最近はギリギリの時間で一通り書き終えて、その後しばらく別の作業で放置して、時間ができたら推敲作業…って流れが多いんですけれども、昨日もアップ後しばらくして読み直してみたら、どっちの話もあまりにもめちゃくちゃ分かり辛い記述すぎて我ながら笑っちゃいました。 まぁ笑い事じゃなく、「説明が下手すぎで読むだけ時間の無駄」な内容だったため大変恐縮しきりなのですが、（正直そこまで変わっていないかもしれないものの）多少書き直しておいたので、記事アップ後、即目を通されて意味が分か…

2024/01/15 13:00

Xの運命はどうやって決まるのか…？

前回の記事では、X染色体を2本持つ女性のみで起こる現象、ライオニゼーション（X染色体の不活化）について、「いつ起こるの？」という問に対し、 「実はハッキリとはまだ分かっていないけど、発生のかなり初期、たった1つの受精卵が数回分裂して、細胞が32個になったぐらいには概ね完了していると思われる」 …みたいなことを書いていました。 もちろん完全に解明されたわけではないものの、前回リンクを貼っていた研究レビュー記事によると、やはり研究がしづらいヒト細胞よりもマウスの細胞でよく研究がされているようで、記述もマウスが中心ではあったのですが、全体的に「これまで知られているよりも、かなり早い段階、4細胞や8細…

2024/01/14 13:00

Xの運命はいつ決まるのか…？

引き続きライオニゼーションこと「X染色体の不活化」について気になる点をもうちょい深掘りしていこうと思います。 まず、「父親からもらったX染色体か、母親からもらったX染色体か、女性の細胞ではどちらか一方がランダムに不活性化されている」というそのライオニゼーションについて聞いた際、誰しもが必ず疑問に思う点として、 「いつ、どうやって？」 というのがあるといえましょう。 （ちなみに今さらの点ですが、男性の場合、父親からはY染色体、母親からはX染色体を受け継ぐので、ライオニゼーションは一切起こらない形ですね。 なので、「どちらのX染色体が使われている細胞か？」という点において、実は全身で2種類の異なる…

2024/01/13 13:00

ライオニゼーション！

改めて簡単に前回のおさらいをしておきますと、 「女性はX染色体を2本持つが、細胞の1つ1つは完全ランダムに、どちらか一方だけが機能している（他方は不活化されている）」 …ということで、実は女性の体というのは、「父由来のX染色体が機能している細胞」と「母由来のX染色体が機能している細胞」がランダムに並んだ、モザイク状に細胞が集まってできた形になっていると言えるのです……なんて話でした。 もちろん、「どちらのX染色体が選ばれるか？」は発生の初期に決まるので、ある細胞が分裂してできた部分はそれなりに近い位置にまとまって存在することが多いため、そこまで「モザイク状」というよりも、牛や三毛猫の柄のように…

2024/01/12 13:00

女性はモザイクだった…？

前回の記事では、男女の違いの例として性染色体を取り上げ（まぁ「違いの例」というか、それが「男女の違いの全て」ともいえるわけですけど）、 「女性はX染色体を2本持つが、実は2本あるどちらか一方のX染色体は、機能しなくなっている」 「その結果、X染色体を1本しか持たない男性（男は性染色体として、XYの2本持ち）と、作られるタンパク質の量は同じになる（X染色体が2本あるからといって、2倍のタンパク質が作られることはない）」 「なお、Y染色体はX染色体がぶっ壊れて出来たカスみたいなものであり、そもそも男は女の出来損ないのようなもんなのである」 …などということを書いていました。 まぁ最後の点は正直、あ…

2024/01/11 13:00

男は女の出来損ないだった…？

前回の記事では、フェニルケトン尿症やアルカプトン尿症（黒尿症）といった遺伝子疾患の例から、病気として発症しやすい遺伝子・しにくい遺伝子というのは普通にある感じになっているのです……ということをツラツラと説明していました。 その中で、性染色体の例を挙げ、 「男性は沢山の遺伝子が乗ったX染色体を、母親由来の1本しか持たない……要は『補償（スペア）が存在しない』ので、X染色体上の遺伝子異常に弱い…… 筋ジスや色覚異常が男性に傑出して多いのは、それが理由なんですね」 …ということを書き、また他にも、 「遺伝子から合成されるタンパク質（酵素）の量で、その酵素がどれぐらい機能するかが決まる…… 例えば、お…

2024/01/10 13:00

病気になりやすい・なりにくいの違いは？

ここ最近唐突に深入りし始めていたアミノ酸の代謝経路について、前回は芳香族アミノ酸（あの、いかにも有機化学っぽい六角形リング付きの化合物のことですね、「芳香族」というのは）であるフェニルアラニン・チロシンが、アセチルCoAへと変換される道のりを、たった1つの酵素がダメになるだけで発症する代表的な遺伝子疾患に着目しながら触れていました。 この辺の話に関して、 「病気になるのはなんでその酵素（今回見ていた例でいえば、最初の酵素と4番目の酵素で発症する、フェニルケトン尿症とアルカプトン尿症）だけなん？ 他の酵素がダメになって病気になる人は、おらんの？」 …と思われた方もいらっしゃるかもしれませんが、こ…

2024/01/09 13:00

必須である理由

前回は、唐突に最後、生物のテストあるあるな問題を出すことで、偉そうに一人で悦に入っていました（別に悦には入ってなかったですけど(笑)）。 そんなわけで、そちらの答え合わせから参りましょう。 問題に必要な、フェニルアラニン・チロシン代謝経路マップの再掲からですね。 https://ja.wikipedia.org/wiki/アミノ酸の代謝分解#フェニルアラニン、チロシンより フェニルケトン尿症は、(1)の酵素に異常が、またアルカプトン尿症は(4)の酵素に異常が生じることで発症する疾患となっている。 この場合、フェニルアラニンを含まない食事をすることで症状が見られなくなるのは、以下のいずれか。 (…

2024/01/08 13:00

たった1つがダメになるだけで…

それでは前回に引き続き、今回もアミノ酸代謝経路について、ごくごく簡単に見ていくといたしましょう。 …と、前回の記事では、最後アイキャッチ画像にも使っていました、アミノ酸を糖に変換するために最も重要なステップといえる、窒素を含むアミノ基 -NH2をアミノ酸から外す反応で働く「分枝鎖アミノ酸トランスアミナーゼ」という酵素についてチラッと触れていました。 これについてもうちょい触れようかなと思ったネタとして、前回「酵素というのは、特定の分子を特定の分子に変換するという、『専門性』があります。より科学的な用語としては、これを『特異性』といいます」なんてことを書いており、実際これも高校生物で習う「一遺伝…

2024/01/07 13:00

どのように生まれ変わるのか…？

最近それしか言ってませんが(笑)、あまりにも時間がなさすぎる日が続いているため、今回も適当に取ってつけたようなネタ、例の「アミノ酸が糖に生まれ変わる反応」こと糖新生について、各アミノ酸個別の具体的な経路をペタッと貼り、一言二言それっぽいことを語ることで記事を見繕わせていただこうかと思います。 （まぁ別に「時間がない」というか、前回、「次回はそのネタで行こうと思っとります」とか書いていた予定通りの話ではありますが…。） 糖新生は必ずしもアミノ酸が起点ってわけでもないわけですけど、血糖値不足のときには使える糖がないからこそ緊急で糖を作る必要があることが多いともいえるわけで、三大栄養素の片割れである…

2024/01/06 13:00

そんなに都合いいものは存在しない

糖新生の残りの反応について、「単純な解糖系の逆行ではないものが、まだあります」と書きながら、解糖系の最終ステップであるピルビン酸→ホスホエノールピルビン酸（PEP）以外にもそういう「不可逆反応ゆえ、迂回する必要アリ」というものがあるため持ち越しましょう……と今回に持ち越してはみたものの、もう本当に出がらしのような、1ミリも面白くない話しか残っていない感じですね。 ネタが広がらなさそうすぎるので、前回のナンジャモカラーネタを今回にまわせばよかったと後悔していますが(笑)、まぁせっかくなのでそのどうでもいい残りの反応にも触れていくといたしましょう。 改めて、解糖系の流れがよくまとめられた例の一枚絵…

2024/01/05 13:00

一方通行のこともあるよ

前回の記事で、タンパク質と糖（さらには脂質も）との密接な関係、いわゆるアミノ酸代謝と糖新生について、画像を貼って名前を見た程度でしたが、チラッと触れていました。 まず名前についての追加脱線ネタとして、「糖新生」ってのは当然、最重要シュガーであるグルコース（ブドウ糖）を新たに生産する、ってそのまんまの意味でしかない反応なのですが、こちらは英語だとgluconeogenesisで、「グルコ・グリコ」が糖、「ネオ」が新、そしてgenesisは前回「gen」＝産生的な語源と書いていましたが、それと同根の語で、こちらは「起源 (origin)・誕生 (birth)」と言った意味であり、これはもう逐語訳的…

2024/01/04 13:00

糖かケトンか

前回、かなり中途半端になってしまった「糖新生」、および「アミノ酸代謝」といわれる類の、 「アミノ酸（アミノ酸が何十何百とつながったのが、髪にもなるし爪にもなるし皮膚にもなるし血にもなるし色んな機能を持った酵素にもなる有能分子・タンパク質でした）がエネルギーとして利用される場合、それぞれどう変換されるか」 …について、一枚絵だけ紹介して終わりになっていたため、早速続きから参りましょう。 ごちゃっとしていて分かりにくい…ようでよく見てみたら案外大したことない、その画像の再掲からさせていただきますが…… https://ja.wikipedia.org/wiki/糖原性アミノ酸より …まぁ単語のみな…

2024/01/03 13:00

新しく作り直そう

平和なお正月が幕開けしたかと思いきや、北陸地方を中心に、結構な規模の震災に見舞われたというニュースを目にしました。 まだ詳しい状況は分からない部分も多いわけですが、家屋の倒壊などの様子もインターネットに流れていましたし、真冬に避難などの不便を強いられている方も大勢いらっしゃるようです。 正直、安全圏から安い言葉だけを送るのも個人的にはどうかと思えますし、かといって「自粛は良くない、普段通りにしよう」というのも、それはそれでその押し付けもどうなんだろうか……と個人的には感じてしまう気もするんですけれども、僕自身は少し控えめにしつつ、日課となっているブログ記事の更新を続けていこうかなと思います。 …

2024/01/02 13:00

脳はどのぐらいエネルギーを使うのか？

エネルギーにまつわる脱線話も、そろそろネタが尽きてまいりました。 とはいえもう1つだけ、ふと浮かんだ気になる点があったため、そこだけ触れてもう一記事だけ見繕ってみようかと思います。 こないだのクレアチンサプリの記事で、クレアチンの摂取は筋肉パワー（瞬発力）の増大のみならず、脳の健康・機能改善にも良いという報告がされています、などという記述がクリーブランド・クリニックの解説ページにあったんですけれども、まずそもそもの話として、クレアチンは筋肉で主に機能するものであり、脳はそこまで瞬発力を必要としないものですし、「脳が使えるエネルギーはブドウ糖のみ」というのはよく聞く話ですから、脳にもクレアチンは…

2024/01/01 13:00