化学徒の備忘録

研究者がイメージ・イラストを作製するメリット

イメージ・イラストを作製するメリット 例えば、blenderという3DCGアニメーションソフトウェアを使うと、分子などのモデルのイメージを作ることができます。 別にblenderに限定する必要はなくパワーポイントなどでもいいのですが、イメージやイラストを作るには時間がかかります。そして、発表や論文ではイメージやイラストが無くても伝える内容が変化するわけではありません。 そんなイメージやイラストを使うメリットはというと、"相手に伝わりやすくなるから"です。他にも、"注目を集める"という効果も期待できます。 論文では概念図があるかないかで、研究のおおまかな内容が伝わるかどうかが大きく変わります。ま…

2021/10/24 22:06

blenderで分子モデルを書きたい(blemderでpdbファイルを読み込む)

blenderという3DCGアニメーションソフトウェアを使って、分子などのモデルを書くことを目指します。 ここでは(protain data bank) pdbファイルを読み込んで分子モデルを扱います。 バージョンは2.93です。 早速ダウンロードして、blenderをインストール後、起動します。 筆者は言語を日本語を選択しました。もちろん、英語のほうがいい方は英語でどうぞ。 pdbファイルを読み込むために、アドオンを有効にします。 編集→プリファレンスをクリックします。 Import・Export:Atomic Clender PDB/XYZというアドオンを有効にします。 アドオンは右上の検…

2021/10/24 08:22

錯体と酸化数:酸化数をつけるときのルール

錯体と酸化数 錯体では酸化数を考えることは重要である。 錯体の性質は中心金属イオンの酸化数に強く支配される。そのため酸化数で現象や性質を整理して考えることが重要となるのである。 しかしながら、酸化数を割り振るということな、任意性がある場合があるので注意が必要である。 そこで、多くの知見で考えられてきたルールのようなものが存在する。ちなみに酸化数はPt(II)のように元素記号の後ろにローマ数字で書き、( )をつける。 酸化数を決定するときのルールを紹介する。 1 : 単体中の原子の酸化数は0とする。 例: P4ではPの酸化数は0である。 2: 単原子イオンの酸化数はそのイオンの電荷と同じである。…

2021/10/22 06:54

錯体と配位子の解説

錯体と配位子 通常のイオンとは少し異なる錯体や配位子について、わかりやすく説明していく。 まず、金属イオンは、金属イオン自身のまわりに陰イオンや中性分子を方向性をもって規則的に配列させるという性質がある。 ジアンミン銀(I)イオン[H3N-Ag-NH3]+は2つのアンモニア分子を銀(I)イオンのまわりに直線型に配列させる。 ヘキサアンミンコバルト(III)イオン[Co(NH3)6]3+は6つのアンモニア分子をコバルト(III)イオンのまわりに八面体型に配列させる。 このような化合物群を錯体という。配位化合物と呼ぶこともある。そして中心にある金属イオンの周りの陰イオンや分子を配位子という。この金…

2021/10/21 22:06

原子間の結合領域と反結合領域と共有結合をわかりやすく解説

有機化合物の骨格となる部分を形成する結合のほとんどが共有結合である。この共有結合は、2つの原子の間で、それぞれの価電子を互いに共有してできた結合である。 この価電子の共有によって結合ができるということについて、もう少し深くわかりやすく考えてみる。 1951年にベルリンらが共有結合について報告をしている。これは、2中心1電子系における原子核一電子間のクーロン力と結合力を考察したものであり、核間に引力が働くか反発が生じるかは、電子の存在する領域に依存するという内容である。 この領域は、それぞれ核間に引力が働く領域を結合領域、核間に反発が生じる領域を反結合領域といった。結合領域と反結合領域のイメージ…

2021/10/21 16:29

金属錯体：ジアンミン銀イオン

ジアンミン銀イオン 塩化銀 (AgCl) は硝酸銀水溶液と塩化ナトリウム溶液を混合したときに生じる白色の沈殿である。塩化銀は水にはほとんど溶けない。しかし、アンモニア水には溶けてジアンミン銀イオン [Ag(NH3)2]+を形成する。このイオンは中心原子が銀イオン、配位子がアンモニアである錯体である。このアンモニアの配位子としての名称としてアンミンという語が使われる。このイオンはN-Ag-Nが直線上に配列した構造をしている。 このイオンの構造は、銀イオンのsp混成から考えることができる。銀イオンの電子配置は[Kr] (4d)10と表される。このsp混成は空いている5s、5p軌道を使って行われる。…

2021/10/21 03:48

英語論文で文と文を繋ぐときの単語・熟語(接続詞)総まとめ

原因(Cause) 結果(Result) 対象・相違(Contrast・Difference) 意外性(Unexpectedness) 文の途中で 添加(Addition) 原因(Cause) ~のため：due to ~であるという事実により：due to the fact that ~の理由で：on account of ~であるという事実のために：on account of the fact that ~を考慮して：in view of ~という事実から見て：in view of (the fact that) なので：as なぜなら：because ~だから：since ※sinceは「…

2021/10/01 13:29

【化学クイズ】完全燃焼したときの二酸化炭素の体積から組成式を求める方法

化学クイズ：完全燃焼したときのCO2の体積から組成式を求める C、Hからなる物質17.8 gを完全燃焼させると、標準状態で31.4 LのCO2が生じた。もとの物質の組成式を書きましょう。 原子量はH = 1.0、C = 12.0、N = 14.0、O = 16.0とする。 解答編 組成式CaHbOcNdは各元素の原子数の比を表すものです。未知の物質の組成式を求めるには、未知の物質をある一定量取ります。そして、その未知の物質の中に含まれる各元素の原子数をモル単位で求めて、その比をとります。 C原子とH原子の数は、完全燃焼させることで求めることができます。 未知の物質のCが1個につき、完全燃焼させ…

2021/10/01 13:22