コンピュータで医学研究を

事業再仕分け

事業再仕分けが終わりました。これについては、多くの人が批判的なようですが、私自身は政策の評価を外部の人間を交えてオープンに行なうという意味で、評価しています。法的な根拠が無い、うわべだけのパフォーマンスだけになりがち、などの問題はありますが、これからも何らかの形で続けていってほし...

2010/11/18 20:19

神経情報学(Neuroinformatics)

ケンブリッジ大学では学部教育の中でワークショップというのがあり、そこで我々が研究に関するいろいろな技術について説明します。今年の私は神経情報学(neuroinformatics)についてデモを行なう事になりました。軽い気持ちで引き受けたのですが、いざ準備を初めて見ると中々大変です...

2010/11/04 18:26

ライフサイエンス 新着論文レビュー

最近、 ライフサイエンス 新着論文レビュー」 という面白いサイトを発見しました。これは”トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について，論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを，だれでも自由に閲覧・利用できるよう，いち早く公開”する事を目的にしている...

2010/10/28 17:47

シドニー・ブレナーのエッセー集

シドニー・ブレナーといえば線虫の研究で有名なノーベル賞学者ですが、彼は講演やエッセーの面白さでも知られています。そのなかでも、彼がCurrent Biologyで連載していた物は特に面白く、読む価値があります。残念ながら日本語訳はありませんが、英語版であればCurrent Bio...

2010/10/22 23:42

システム生物学会に行ってきました

イギリスのエジンバラで行なわれているシステム生物学会に行って参りました。同じイギリスでもエジンバラはケンブリッジよりはずっと寒く、すっかり体調を崩してしまいました。 学会の内容は、細胞周期、代謝、MAPK経路など、おなじみの内容が中心でそれほど目覚ましい発見があった訳ではあり...

2010/10/13 19:57

次世代スーパーコンピュータ

新聞報道によりますと、次世代スーパーコンピュータの出荷が始まったようですね。実際に使えるようになるのはまだ先ですが、とりあえず順調に計画が進んでいるようで何よりです。ところで、このコンピュータは「京」と呼ばれてますが、名称を公募した時には「レンホー」、「REN4」、「フェニックス...

2010/10/02 19:52

メタアナリシスの本

過去の研究データを統計的にまとめて、一体として解析する事をメタアナリシス（meta-analysis)といいます。単に過去のデータを並べて解釈するよりもより客観的な解析が出来るので、医学分野では頻繁に用いられます。私も、最近自分の学生と一緒に遺伝子発現データに関するメタアナリシス...

2010/09/25 18:24

長らくご無沙汰しておりました。

ずいぶん長い間、このブログを更新しておりませんでした。読者の皆様、申し訳有りません。 この間は研究もさることながら、仕事探しでとても忙しい日々を過ごしておりました。ケンブリッジの契約は来年で終了するので、どこか別の場所で仕事をする場所を見つけなければなりません。家族の事も有り...

2010/09/20 17:45

CPUが足りない！！

普段私が使っているコンピュータは、Mac Proにメモリーを増設したものです。以前に比べれば、CPUもメモリーもずいぶん余裕ができたはずです。しかし、出来る事が増えると、どんどん欲が膨らんでいき、今やろうとしている事は、もはやMac Proでは不可能になってしまいました。私の行な...

2010/03/31 19:36

予測マーカーと予後マーカー

先日、ケンブリッジで行われた癌診断に関する学会に参加しました。その時に頻繁に出てきたのがprognostic marker（予後マーカー）とpredictive marker（予測マーカー）という言葉です。たとえば、乳癌においてエストロゲン受容体の発現は、それの有無で予後を診断す...

2010/03/22 03:17

新薬が生まれない(NHK AtoZ)

番組サイトより 実はこの20年、製薬業界では「ヒット新薬」が生まれない事態が続いている。 製薬会社は巨額資金を投入して新薬の開発に取り組んでいるが、アルツハイマー病やがんなどを引き起こすメカニズムの解明が思うように進まず、新薬誕生には 至っていないのだ。さらに、こうした状況に...

2010/03/15 18:47

遺伝子多型データベースアクセス不能

JSNPの遺伝子多型データベースには、各種疾患のSNPについての情報があります。大変有用なデータと思われるのですが、 アクセス権を得るための手続き がかなり煩雑です。 データ・アクセス申請は、必要事項が記載された「遺伝子型頻度データ・アクセス申請書」と 署名された「JSNPデ...

2010/03/07 17:05

日本語の医学データベース？

本業が忙しかったため、しばらくブログを更新できませんでした。これからはもう少し頻繁に更新します。 日経バイオテクが発行しているBTJジャーナルの 二月号 が出ました。今回のテーマの一つはデータベースです。遺伝研の大久保教授が国産データベースのアクセスについてお話しされているの...

2010/02/27 20:16

どんな雑誌に投稿するか

研究者として、研究した結果はどこかに発表する必要があります。残念ながら、コンピュータ医学は新しい分野なので、それ専門の雑誌は数が少なく、読者も多くないのが現状です。となると、別の分野の雑誌に混ぜてもらう事になりますが、雑誌によってコンピュータを用いた研究に対する関心に違いがあるの...

2010/01/18 21:58

どういう病気がコンピュータ研究に向いているか

理想的には、どんな病気でもコンピュータで研究は可能だといいたいところですが、公開されているデータの量によって、研究可能な範囲は限定されてしまいます。現状では、以下のような疾患が研究可能でしょうか。 乳がん、前立腺がん、脳腫瘍、白血病、大腸がん、悪性黒色腫、肝炎、肝臓がん ア...

2010/01/14 22:08

前立腺がんの論文の草稿が完成

昨年末から取り組んできた前立腺がんに関する論文の草稿が完成し、英語エディティングに出しました。原稿が返却されるには一週間ほどかかるので、月末までには雑誌に投稿できそうです。 欧米でもっとも研究が進んでいるがんといえばなんといっても乳がんですが、前立腺がんについても精力的に研究...

2010/01/13 23:50

マルデアホな旅で元気に、会社員が珍地名紀行本（読売新聞）

コンピュータ生物学とは全く関係ありませんが、私の同級生がタイトルの通り、本を出版したと聞いて驚いたので思わず紹介したくなりました。学生時代の彼を知る私からすると、意外な反面、妙に納得できるところも、、、読売新聞へのリンクは こちら です。 ブログ村に戻る

2010/01/04 21:53

臨床研究が出来ないなら

先日、イギリスとアメリカのグループから、肺がんと皮膚がんにおける遺伝子変異を大規模に解析した研究の成果が発表されました。興味のある方は こちら をごらんください。 この手の研究は、アメリカとヨーロッパでは盛んに行われておりますが、日本ではあまり見かけません。自分の癌のサンプル...

2009/12/30 20:30

コンピュータ生物学をどう教えるか

コンピュータを使った医学研究が日本で広がるためには、だれかがそれについて教えなければなりません。日本バイオインフォマティクス学会では教育カリキュラム案、というのがあります。これによると、統計科学、情報科学から始まって、配列解析、たんぱく質構造解析、ゲノム情報解析など、幅広い分野...

2009/12/28 22:50

共有と秘匿のバランス

ただ今行われている日本分子生物学会で、’デジタル時代のジレンマ 共有と秘匿のバランス’というテーマでシンポジウムが行われたようですね。私はこれに参加していないので、具体的にどのような議論がなされたのかよくわかりませんが、コンピュータで生物、医学研究を行う人間にとってはしばしば問題...

2009/12/11 19:03

沖縄科学技術大学院大学

新聞に、沖縄科学技術大学院大学のことがでてました。 沖縄大学院大の来年度予算要求には、キャンパス整備費など約149億円が盛り込まれている。評価では、世界トップ級の研究・教育機関を10年で構築し、経営を軌道に乗せるのは極めて困難だと指摘した。 とのことです。正しい指摘と言え...

2009/12/09 06:22

研究で使うコンピュータ

事業仕分けでスーパーコンピュータのことが話題になりましたが、医学研究でもコンピュータは重要です。例えば、ヒトの遺伝子が2万として、それらの間の相互作用は2万の二乗、それらが相互作用する条件として、第三の遺伝子を考慮すると2万の三乗になります。2万の二乗のデータを扱うのにもギガバイ...

2009/12/08 02:22

コンピュータ生物学を勉強する施設

コンピュータ生物学を研究する施設は近年、あちこちに見られるようになりましたが、本格的な教育を行っている大学はまだまだ少ないようです。今のところ、東大理学部がもっとも整った教育体制を持っており、京都大学も盛んに教育を行っております。前者は配列解析が中心で、後者はSNPなどによる疫学...

2009/12/07 22:53

SNPを研究する施設

日本では、SNPは 理研 の中村祐輔先生を中心にして行われています。とても幅広い分野で研究を進められているのですが、私の得意分野である脳疾患のチームがないのが残念です。

2009/12/07 20:26

病気のデータ

コンピュータで医学研究をするにはある程度の量のデータが必要です。例えば、アルツハイマー病なら、以下のようなサイトからデータを得られます。 1） Alzgene こちらでは、過去に検討された疾患リスク候補遺伝子の情報と、それに関連する臨床試験のデータがみられます。 2） Gene...

2009/12/07 19:17