蒼き地球の誕生～短鎖ペプチド仮説～新説タンパク質ワールド

言語から見たタンパク質構造

生成文法とタンパク質構造の類似点 人にとって、言語とは生来のものである。チョムスキーの考えたこの生成文法の概念における「言語獲得装置」の原理は、タンパク質における「立体構造構築」の原理と共通しているのではないか。いわば、タンパク質構造の構築原理に基づいて言語獲得装置機構を創造したのではないかと思われる。すなわち、言語獲得装置はタンパク質構造構築理論が、その原型となっているのである。生成文法理論には

2020/07/07 09:54

逆翻訳系を考察する

Amino acid-codon systemの起源 これを、短鎖ペプチド鎖からの逆翻訳系で眺めた場合はどうなるか DNAの二重らせん構造を発見した、Francis Harry Compton Crickは、タンパク質のアミノ酸配列に責任を持つコドンが少しでも変化するようなことになると、タンパク質の機能が破壊され、タンパク質の存在様式が失われてしまい、その意義を呈しないことになると述べている。その

2020/06/23 09:42

タンパク質構造の構成単位について

タンパク質構造を構成するのは、個々のアミノ酸残基（一次元構造）ではなく、数個のアミノ酸残基の構造的集合体（三次元構造）である。 これは、Anfinsen dogmaの終焉を意味する。タンパク質構造を決定するのは、その一次構造では決してない。すなわち、構造を決定しているのは遺伝子の塩基配列ではなく、遺伝子がタンパク質構造決定の必須条件ではないということである。遺伝子は、タンパク質の基本的情報・一次構

2020/06/11 16:57

タンパク質構造の構成単位について

タンパク質構造を構成するのは、個々のアミノ酸残基（一次元構造）ではなく、数個のアミノ酸残基の構造的集合体（三次元構造）である。 これは、Anfinsen dogmaの終焉を意味する。タンパク質構造を決定するのは、その一次構造では決してない。すなわち、構造を決定しているのは遺伝子の塩基配列ではなく、遺伝子がタンパク質構造決定の必須条件ではないということである。遺伝子は、タンパク質の基本的情報・一次構

2020/06/11 16:57

疑似複製について（池原健二先生より）

本稿で、随所に引用させていただいている、タンパク質ワールドでは、既に先陣を切られております『GADV仮説 生命起源を問い直す』の著者、池原健二先生より、本稿「第1章 2．池原の[GADV]タンパク質の「疑似複製」仮説」へのご回答をいただきました。 ・しかし、私にはこの[GADV]タンパク質仮説が基本的にタンパク質が生命誕生を推進した唯一の物質であることは納得できるとしても、若干の疑問点がないわけで

2020/05/11 15:49

参考文献

M. Todd Washington,1† Irina G. Minko,2 Robert E. Johnson,1 William T. Wolfle,1 Thomas M. Harris,3 R. Stephen Lloyd,2 Satya Prakash,1 and Louise Prakash1 Efficient and Error-Free Replication Past a Min

2020/05/09 21:19

科学の広場

2020/05/08 15:41

ご意見コーナー

2020/05/08 15:41

10．短鎖ペプチド複合体の形成

二つの短鎖ペプチドが特異的に会合すると、短鎖ペプチドの複合体が形成されることになる。さらに、その複合体を中核にして、さらに別の短鎖ペプチドが会合し、その数を増やしていくと大きな複合体を形成すると考えられる。

2020/03/18 09:57

9．短鎖ペプチドと物質との選択的結合

短鎖ペプチドと物質との間に非常に高い結合特異性を得るには、ペプチドのアミノ酸側鎖が物質の反応基と非共有結合するばかりではなく、さらに物質のかたちとぴったり合うような相補的結合の二つの要件を兼ね備えることが必要であると考えられる。この難解なクイズを解く推論を考えてみる。

2020/03/17 16:18

8．非共有結合

原子・分子間の結合には大別して強い結合と弱い結合の二種類がある。物質間の結合で最も強いものは共有結合で、弱い結合は非共有結合である。

2020/03/17 13:55

7．短鎖ペプチド鎖の結合能

短鎖ペプチドの重要な機能の一つは、他の短鎖ペプチドや多くの有機物質と特殊な結合する能力をもつであろうということである。この結合能力こそが、私が短鎖ペプチドが生命を誕生させた原動力の根拠になっているのである。そこで、この短鎖ペプチドの結合能について、しばらく述べることにする。

2020/03/17 13:24

6．短鎖ペプチド鎖の構造

私が短鎖ペプチドが生命誕生の最も重要な物質である根拠とするのは、短鎖ペプチドが固定した構造をとらず、揺るぎのある数種類の遷移状態の構造になっていることが重要と考えるからである。

2020/03/17 13:19

5．短鎖ペプチドの出現

原始地球環境下でアミノ酸の自然生成はミラーの実験で明らかとなっているが、最もの重要なのは短鎖ペプチドの出現の可能性ではないだろうか。この短鎖ペプチドの出現なくして、生命の誕生は有り得なかったのである。

2020/03/17 13:00

4．原始地球環境での有機物、特にアミノ酸類の出現

原始地球環境下に、アミノ酸などの有機物質がどのように生成されたかを知るユリーとミラーの有名な原始地球の大気環境を想定した放電実験モデル

2020/03/15 20:51

3．原始タンパク様物質の合成

原始タンパク質様物質の合成には、大別すると「直接的高分子合成説」と「ペプチドの段階的合成説」の二通りが存在したと推定する。

2020/03/15 16:52

2．池原の[GADV］タンパク質の「疑似複製」仮説

タンパク質ワールド研究の筆頭者、池原健二先生の [GADV］タンパク質の「疑似複製」仮説から、著者の見解を紹介しています。

2020/03/14 22:31

1．「RNAワールド」仮説に対する疑念

「RNAワールド」仮説に対する疑念 「生命の起源」に関して私の「タンパク質ワールド」仮説を述べてみたい。これまでに「生命の起源」に関する諸説が数多く発表されてきているが、現在のその到達点はなんとなく「RNAワールド」仮説であるかのような印象を受ける。「RNA ワールド」仮説の発端になったのは、何と言っても1980年代のチェックらの研究によるRNAが生体触媒機能をもっているという衝撃的な発見であっ

2020/03/14 21:43