生命科学ステップアップノート

Rを用いたデータの加工ー共通の項目で紐付けされた2つのデータセットを組み合わせて行を抽出するー

本稿では、Rでよく行うデータフレームの抽出や、データの追加、確認の方法などについて説明していきます。今回使用する関数は、summary()、nrow()、head()、cbind()、names()、subset()などで、いずれもデータを加工・確認するのに汎用される関数です。 ...

2019/11/30 10:30

ポスドク研究留学への道（4）ー留学先ラボの探し方ー（自分にベストな留学先を見つけるために）

周りの人からいろいろと留学先を勧めてもらえることは、メリットだけでなくデメリットもありえる、ということを前回書きました（ ポスドク研究留学への道（3）－留学先ラボの探し方 ～勧められるがままでいいのか？～ ）。いくら周囲の人に良さそうな留学先を勧められたとしても、一度は自分の考え...

2019/11/28 11:03

ポスドク研究留学への道（3）－留学先ラボの探し方 ～勧められるがままでいいのか？～

ポスドク留学を志す人にとって、留学先ラボをどうやって見つけるかが、最初で最大の問題でしょう。筆者も留学希望の人から何度か個人的に相談されたことがあります。 人それぞれ、理想のラボ・上司像も異なるのでなかなか正解はないですが、筆者の経験をふまめて留学先の探し方について何回かに...

2019/11/27 14:03

タグを用いた効率的なPubmed文献検索の方法

生命科学で研究を行っていれば pubmed で文献を検索することは日常茶飯事です。ただ、自分の目当ての論文があってもなかなか見つけられないことも時々あります。 そのような際にタグを用いた検索を行うと効率的に目的の論文を見つけることができます。 本稿では、pubmed検索で使える...

2019/11/26 10:23

ポスドク研究留学への道（2）－留学のメリット・デメリットー

自分が留学をしたいのかどうか、自分の心を見つめてみる、ということについて以前の記事で書きました（ ポスドク研究留学への道（1）ー留学すべきかどうかー ）。 自分の心を見つめた結果、留学をしたいという気持ちに気づいた時、次に考えないといけないのは、実際に留学に向けて動き出すのかど...

2019/11/25 14:02

ポスドク研究留学への道（1）ー留学すべきかどうかー

筆者は海外に約3年にわたりポスドクとして留学した経験を持っています。特にアカデミアで研究を頑張ろうと思っている人にとっては、海外留学は大きな関心事の一つだと思います。本稿以降何回かに分けて、筆者の経験を元に海外留学への考え方、準備の仕方を書いていきたいと思います。 留学へ向け...

2019/11/24 14:01

大腸菌の凍結ストック（グリセロールストック）の作り方

生命科学分野では、大腸菌は最もよく利用される微生物の1つです。その用途は多岐に渡りますが、本稿ではプラスミドを増やす目的でトランスフォーメーションされた大腸菌を簡便に凍結保存する方法を説明します。 グリセロール溶液の作成  一般的な大腸菌の保存方法はグリセロール水溶液に懸濁...

2019/11/23 03:35

Rでの箱ひげ図・ドットプロットの書き方

近年はジャーナルに論文を投稿する際、サンプル数・分布が一目で分かる「ドットプロット」をFigureに使用する様に求められる場合が多いです。これは従来の「棒グラフ＋エラーバー」ではサンプルの実際の値の分布が分かりにくく、真実のデータがマスクされている可能性があるためです。 ドット...

2019/11/21 13:12

細胞培養時の細胞数の確認方法（血球計算盤の使い方、血球計算盤を使わない簡易法）

細胞培養において、細胞数の確認が必要になる場面ば度々ある。 血球計算盤を使った細胞数の測定 基本的には血球計算盤を用いて、以下のような1mmの区画の細胞を数えて確認する。 数えるのにちょうど適した濃度になる様に細胞を希釈する（A倍）。 上図の1 mm × 1 ...

2019/11/20 15:21

細胞培養で有用な数字（培養面積・培地量）とちょっとした注意点

細胞培養を行う際に時々確認したくなる、 培養面積やメディウムの量などをまとめた。 各会社の製品によって面積や推奨する培地の量が若干異なるが、 おおよその目安はこれで確認できる。（ ThermoFisherScientific, Corningの製品を確認） ...

2019/11/20 15:05

マウスのジェノタイピングで使える、簡単で安いDNA抽出法（HOTSHOT法/アルカリボイル法)

マウスのジェノタイピングなどに有用な、簡単に安くDNAを抽出できるHOTSHOT法（別名 アルカリボイル法）を紹介する。 （原著は HOTSHOT法の原著 G.E. Truett, et al, BioTechniques 2000:29:52-54 を参照） HOTSHO...

2019/11/20 14:46

アガロースゲルでのDNA電気泳動（Tips、豆知識など）

普段アガロースゲルでのDNA電気泳動をルーチンワーク的に何となくやっていると、たまに「決め実験」 を行う際にベストの条件や細かいtipsなどを忘れてしまっているため、 以下に関連事項をいろいろまとめておきます。 いろいろな長さのDNA断片の分離に適したアガロースゲルの濃度 ...

2019/11/20 14:06

アガロースゲルからのDNA抽出

アガロースゲルを用いたDNA電気泳動については アガロースゲルでのDNA電気泳動（Tips、豆知識など） の項を参照を。    分子生物学の基本的な実験の一つですが、実際に手を動かさないと分かりにくいTipsや陥りやすい落とし穴もいろいろとあるので、それを書き留めておきます。...

2019/11/20 14:00

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2019/11/20 12:45

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2019/11/20 12:43

4% PFA溶液の作成と注意点

4％PFA（paraformaldehyde、パラホルムアルデヒド）は組織の固定を行う際に最もよく使われる溶液の一つ。 大雑把に言えば新鮮なホルマリンと考えれば良いが、ホルマリンとの違いや注意点を理解しておくと思わぬ実験の失敗も避けられる。 4%PFAの作り方 4%PFA...

2019/11/20 12:38