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創薬研究に役立つ化合物とタンパクのデータベース 【基本を紹介】
創薬研究においては公開されているデータを効率よく集めるというのがスタート地点になります。本記事では、化合物やタンパクについて、創薬研究の最初の時点でよく使われているデータベースを紹介します。
2022/12/15 06:01
AI創薬用の化合物とタンパクの符号化法 【SMILESやアミノ酸埋め込み】
化合物-タンパク相互作用 (chemical-protein interaction, CPI) 予測モデルを開発するには、化合物とタンパクを数値に変換することがまず必要です。ここでは代表的な手法について紹介します。
2022/12/14 06:19
化合物-タンパク結合予測モデルの改善点 【2022年末時点】
化合物-タンパク相互作用予測をより正確に行うために、まだまだ改善するべき点が残されています。この記事では2022年12月時点での代表的なトピックスを紹介します。
2022/12/13 22:15
深層学習による化合物・タンパク質の相互作用予測【AIによるドッキング】
化合物とタンパクの相互作用 (chemcial-protein-interaction, CPI) を予測する人工知能 (AI) が近年さまざま登場しています。ここではAIの中でも特に深層学習を使った方法を概説します。
2022/12/09 10:07
ヒトT細胞受容体の遺伝子座と構造【2つの染色体上に分かれている】
ヒトのT細胞受容体(TcR)遺伝子は非常に複雑な構造になっています。この記事ではそれらの概要と調べ方を紹介します。
2022/10/12 08:37
次世代シークエンサーでコロナを解読する【手順概説】
次世代シークエンサー (NGS) を使ってウイルスを検出するためにはさまざまなステップがありますが、この記事では各ステップで使われている主要なツールを紹介します。
2022/10/11 17:59
コロナ研究に使われるデータベースやツール【情報科学が支える】
コロナウイルス研究を支えているのは情報科学による解析手法や各種データベースです。この記事では、これまで使われてきたリソースを紹介します。
2022/10/10 18:27
コロナ変異株5種概説【WHOのVariants of Concern】
SARS-CoV-2にはさまざまな変異株があります。この記事ではそれら変異株の中でも特に大事な5つに絞って、どのような変異株なのか概説します。
2022/10/07 09:46
SARS-CoV-2の分類法【変異株の命名ルール解説】
COVID-19の原因となるウイルスSARS-CoV-2はさまざまな変異株があり、それらは独特の名前で呼ばれています。変異株の命名ルールを概説します。
2022/10/06 17:36
T細胞受容体とペプチドの結合を深層学習で紐解く 【TCR-抗原の法則】
T細胞受容体 (TCR) と抗原ペプチドの結合は獲得免疫において重要なステップであり、これまで数多くの免疫学者による実験が行われてきました。機械学習技術の台頭とともに、その結合の予測にも使われるようになってきました。この記事では、特に深層学習による抗原ペプチド結合予測手法を俯瞰します。
2022/10/05 16:30
タンパク質の染色の基本 【CBB/銀染色/蛍光染色】
タンパク質実験の基本的な手技の一つに、タンパクの染色があります。この記事では、代表的な染色方法をとりあげその原理やメリット・デメリットを紹介します。
2022/09/27 05:50
多様なメディカルデータの統合プロジェクト 【世界各国で進む】
データを活用するためには、まずしかるべきデータリポジトリーが必要です。世界各国でそのような取り組みが進んでいますが、その概要をこの記事では紹介します。
2022/09/26 06:38
研究者・学生に薦めたいUdemy動画講座5選
昨今はさまざまなことがオンラインでできるようになりました。今回は生命科学や医療系の研究者を目指す学生さんや、現役の若手研究者の先生方におすすめしたい動画講座をご紹介します。
2022/09/24 17:45
AIによるがん創薬の潮流【新たな治療法の開拓】
がんビッグデータは、新たな治療薬や治療戦略を生み出すためにも使われています。実際、いくつかの薬がAIによって新たながんの治療標的として見つかってきました。この記事ではAIによるがん創薬研究を紹介します。
2022/09/22 09:25
データ解析から見出したがん診断バイオマーカー 【MammaPrint等】
がんに関するさまざまなデータが蓄積するにつれて、そのデータマイニングにより見出した複数遺伝子セットをがん診断に使うという取り組みがなされてきました。この記事では、すでに承認されたバイオマーカーであるMammaPrintやその他のアプローチを紹介します。
2022/09/21 17:35
がん研究を加速するウェブツール
がんゲノムや遺伝子発現データなど、多様なデータが取得可能になりました。それらを手軽に扱えるウェブツールもいろいろ登場したので、本記事で紹介します。
2022/09/20 17:22
がん研究に有用なゲノムやプロテオームリソース
近年のオミクス技術の発達により、がんに関するさまざまなデータが取得されてきました。そこでこの記事では、がん研究者なら絶対に押さえておきたいリソースを紹介します。
2022/09/19 18:16
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