kallisto使ってみた！
Psudoalignmentというある意味姑息な手法を使って高速にRNA-seqdata解析を行うソフトkallisto使ってみた。インストールその他は、チュートリアルGettingStarted及びKallistoInstallが詳しい！リファレンスゲノムファイル（cDNA）をEnsembleのFTPサイトで落とし、macのterminalで$Kallistoindex-imyMouseIndexMus_musculus.GRCm38.cdna.all.faとしてインデックスファイルをつくる。その後kallistoのマニュアルを参考に、kallistoの定量のコマンドを打ち込めば良い！今回pairendedのシーケンスだったため、XXX_SYYY_L001_R1_001.fastq,XXX_SYYY_L001...kallisto使ってみた！
2016/12/28 12:53
