某博士課程のblog 2

コンパニオン診断薬やopenPCRの話

今日は実験しつつ，大学院の課題を少し進めた． コンパニオン診断薬という言葉を聞いたことがあるだろうか． 分子標的薬と同時に開発が推奨される診断薬で， 遺伝子変異を検出するものだ． 例えば，イレッサ®（ゲフィチニブ）であれば，EGFR遺伝子変異陽性の患者に 適応が限られ，遺伝子検査が必要だ． 最近では抗メラノーマ，ゼルボラフ®（ベムラフェニブ）と同時にコバスという BRAF-V600E遺伝子変異の検査薬が同時に発売されている． このような変異を調べるよう各自課題を与えられたわけだが， 遺伝子について調べていくうちに寄り道してしまった． 今や目的の遺伝子の配列は簡単に検索でき，プライマーの設計も簡…

2015/07/04 00:45

スターラーを自作してみよう1

実はこっそりスターラーを作ってやろうかと考え中 実験室で使用者も増えてきたし，壊れたものも一台ある． それの修理もしてみたい． こういうのは遊びだから，実験から帰った深夜にこっそり自分の部屋でやるのがよい． 博士課程も2年目になり，当初の論文量産計画（謎）も捨て去り， 今は失敗を楽しめるようになった． 悟りを開いたのか笑（単にサボっているだけかもしれないが） さて，マグネティック・スターラーの自作だが， 調べてみると楽勝でヒットする． 下記のサイトがおしゃれに作ってあるので，参考になりそうだ． 意外にも構造は単純で，磁石とそれを回転させるモータ， それとつまみで抵抗を変えられる可変抵抗というア…

2015/07/03 01:16

博士課程同士の会話

うちの大学は夜9時以降は裏口から出ることになっているのだが、その際に帳簿に名前を書かなければいけない。 学年の欄にDが並んでると、ほっとする 明日も頑張ろうと思える． 一緒に実験してるわけでもないし，昼ご飯も重ならない． 直接、話す機会がそんなにあるわけじゃないけれど、朝早い時間や夜遅くにたまに会うと嬉しくなる。 互いに近況を話すこともあるけれど， 話を聞いているようでどこか自分のことを考えてたりする。 今日もそんな感じだった． 聞いてないように見えても，別に咎めたりしない． 「あー，考えているのだな．そっとしておこう」と思う． さー、明日も早く起きて、仕事前に実験しよう。 失敗を後から見ると…

2015/07/02 01:03

近況報告

2月から実に半年近く更新をサボってしまった． 近況としては，7月〆切の学会へ向けて，データの取り直しをしているところです． 粉体の粒子径を訳あって小さくしたところ，あまりに上手く行かなかったので， 既存の装置を捨て，新たに装置を考案（大げさに書いたが，既存の装置の使い方を変えただけ）しました． これがなかなか上手く行きそうで，よいデータがとれたのですが， 先生に見せるとやはり，怪しいところがチラホラありました． やはり，学会に発表するのだから， 後になってSTAP細胞ありませんでしたではダメなわけで， ちゃんと再現がとれるか確認中です． そして，今日再現がとれませんでした． 原因は見当がついて…

2015/07/01 00:15

初ポスター作り

12時間滞在。 3月上旬の学内講演会のためのポスター作成とそのための実験。 来週の進捗報告会の資料作成と実験。 忙しくなってきました。 おかしいな。 二ヶ月何やってたんだろう。 特に実験が何も進んでない。 予備検討で終わってしまっている。 湿度の影響で以前のデータが出ない。 その対策に時間がかかった。 未だ不十分だが、もう一度新たな環境で取り直すか、この環境で以前の再現を目指すか。 迷ってどちらも出来ないのは最悪だ。 まだまだ要領が悪い。 文献は順調に読めていて、少しずつ頭に入ってきてる。 要旨もある程度完成したから、同じ形式なら次からは早いはず。 こういう忙しい時に、進捗報告のスライドを英語…

2015/02/19 22:13

液架橋力と静電気力

9時間滞在。改めて扱いにくい材料だと実感。しかし、扱いづらいものを扱えるようになれば、あとは楽なわけで。悪戦苦闘するうちに、少しずつ知恵が身についているように思う。粉体の付着において、液架橋力と静電気力は湿度でコントロールできるが、疎水性の粒子は帯電しやすく、濡れも悪いため、液架橋も発生しやすい。つまり疎水性の粉体ほど扱いにくいのではないか。液架橋と接触角の関係も式化されている。帯電もすでに先人たちがあらゆる実験を行っている。ただこれらを読むだけではおそらく何も理解出来なかっただろう。実際に物を使い、自由に制御したいという思いがあるからこそ、考えることができる。数式も少しずつ分かる。

2015/02/15 23:35

博士課程で気をつけること

(タイトルはあくまで修了していないものが書いてるので間に受けないように)12時間滞在。今日から滞在時間、実験とデスクワークの比率、物品の発注日をExcelに記録することにした。これで常に実験とデスクワークのバランスを意識できる。このExcelは進捗報告で全体に公開する。公開することが前提であれば、強制力が生まれる。発注日も意識してつけることで、発注を常に考えるようになるだろう。博士課程では授業も課題もほとんどない。自分で意識して、強制力を生み出すシステムを構築することが肝要だろう。今日も文献に比重が置かれたが、物品が届いたので明日からは実験中心になる。やはり実験で何かしらのデータが出て、課題が…

2015/02/13 22:47

装置中の粉体が受ける力

9時間滞在。たるんでる。発注した物品が来ないと実験がスタートできない。手を打つのが遅れてしまった。ここまで遅いと自腹で買った方が良かったかもしれない。やはり計画性のなさ、準備の悪さは時間を食いつぶす。常に先手を打たなければ停滞してしまう。相変わらず下準備と文献読みは結構進む。しかし、物の接着機構というのは難しいですね。凝集仕事、表面自由エネルギーを勉強中。粉体同士の付着は主に静電気力、ファンデルワールス力、液架橋力によるらしいのだが、状況によってどの力が働くかは異なるのだろう。正と負に帯電した粒子同士が静電気力で引きつけられて付着したとして、その後はどんな力で付着が持続するのだろうか。電荷は相…

2015/02/12 23:26

保険薬剤師集団指導？

3時間滞在。8時間労働のあとだが、20分の仮眠で回復して、要旨作成。新しい文献が見つかったから修正するも良い言葉が思いつかず、ちょっと変えて終了。始めからしっかり、調査しとけよって話だけど、初心者やからしゃーない笑博士卒業する頃にはしっかり調査してから研究出来るんだろうか。仕事の話だけど、保険薬剤師に新規に登録されると保険に関する集団指導があるらしい。平日の昼間に呼び出されると時間が使いにくい。行かなくて良いものだろうか。

2015/02/10 00:14

実験とデスクワークの両立

10時間滞在。今日も乳化重合。出来上がりの色を見る限り、粒子径の増大は成功してそう。5日後に評価の予定。元の二倍が理想なんやけどな。下準備も順調に進んでいる。明日、仕事の休憩の合間に様子を見たいところ。要旨は完成して明日、フレッシュな目で見直そうとしてたけど、事態が変わる。自分と同じアプローチの文献を発見した。切り口は違うけど、やはりこの道の大家、すでに大抵のことを実験している。同じアプローチだから文献の英語も参考になるし、自分の実験系と何が異なるかよく見える。何故この結果になったのか、検討されていない項目も気になる。この年代の学会要旨か討論会の資料になにか手がかりはないか。詳細に読む必要があ…

2015/02/08 23:01

要旨の形式と焦点

12時間滞在。乳化重合一回。粒子径測定。分級。下準備。要旨作成。論文読み。要旨は学内の発表のためのものです。大学院演習の要旨は背景に焦点を絞ったものになっていたため作り直さないといけない。今回はしっかり結果を発表するので、目的・方法・結果考察に分けたものを作ります。こういうのもだんだん慣れて言葉のチョイスや焦点の絞り方が上手くなるんだろうな。学会ごとに狙いや理解のレベルを調節しなければならない。今はまだ時間がかかる。さらにこれを英語となるとまだまだ遠い。実験の方は思ったより粒子径が大きくならなかったので、少し処方を変えてみます。乳化重合では界面活性剤の量を減らせば粒子が大きくなることが知られて…

2015/02/07 23:28

オープンラボ

更新一日サボッてしまった。昨日はオープンラボ。初日は志望度の高い学生が来るから話がしやすい。とりあえずブラックというイメージは払拭されただろうか笑決して強制的に大学に残されているのではない。それぞれの裁量で残っているのがうちの研究室の特徴の一つだ。あと書いておきたいのは、進学の話だ。進学を少し考える学生は多いけど、具体的に学費と収入について考える人は少ない。うちの大学は学費が非常に安い上に、返還しなくていい奨学金が頂ける。薬剤師として働きながらなら十分、自立が可能である。(自分は甘えているが進学を少しでも考えているならその辺のことも調べるといい。

2015/02/06 23:23

未知の材料

10時間滞在。共同研究の実験はなかなかうまくいかず…でも使用歴のない材料を使うのはかなり勉強になる。そして企業の人との会話も勉強になる。普段使わない装置の使用方法もある程度慣れたから収穫だと思う。発注した試薬も届いたので隙間時間に明日の下準備を完了。なんとか次の進捗報告、さらには学会の要旨〆切には間に合わせたい。明日はオープンラボがお昼からあるから午前中に一つ実験を終わらせたいところ。今日も早めに就寝。

2015/02/04 22:02

進捗報告のスライドはコツコツ作る。

13時間滞在。今日は朝から6人来た。だんだん増えてまいりました。実験の方はサンプル回収して、SEM撮影。予想通りの結果かな。明日は共同研究の協力であまり時間が取れないから、朝の時間を有効活用したいところ。次の進捗報告までに少しずつスライドを作成中。これは進捗報告が終わった瞬間から少しずつ練り始める。人に発表しようとして実験すれば、適当な実験はしなくなる。発表するにはしっかり根拠を考える必要があるからだ。なぜこの実験をしたか。それが明確になる。そして、前日まで実験を続けることができる。スライドが出来ていればあとは表に数値を埋め込むだけだ。途切れることなく次の実験も進めることができる。

2015/02/03 22:25

研究→仕事→研究

3時間滞在。 9:00-18:00の仕事の合間だとこれが限界です。 器具洗浄と文献読みと共同研究の準備で終了。 明日も7時台の登校を目指します。 明日はサンプル回収して、人が来るまでに分級作業を終わらせたいところ。 電磁篩の音うるさいしな。 移動させるのも手かもしれんが。 薬局の仕事は毎日成長を感じるし、毎日至らないことを痛感する。 出血にアドナが処方されてて、定期のバイアスピリンとの併用を普通にスルーしてしまってた。 患者さんと話した結果、出血が治るまで止めることがわかった。 その後の先輩の話で急に止めるとそれはそれでまずいことも学ぶ。確かになぁ。 それでも少しずつコミュニケーションをとれる…

2015/02/02 22:00

毎日失敗できる環境

11時間滞在。 最近朝早く来れてないから明日からまた仕切り直し。 乳化重合も無事終了。 5日後の粒度測定が楽しみだ。 少し大きめになるように合成したから、無事太ってることを祈っている。 朝から二つのサンプルを凍乾に仕込んで、仕上がったサンプルの分級しながらの合成。 そして、帰り際に新たに発見したレビューを読む。 特許の情報もあってなかなか良さそう。 とりあえず1ページ読了して、エクセルにまとめる。 少しずつ表が埋まっていく。 まだまだ分からん単語があるけど、このペースで読めれば大丈夫だろう。 博士卒業したらレビューを書きたいものだ。 問題は文法知識がないために、なんとなく訳してしまうところか、…

2015/02/01 22:27

共同利用の機器

11時間滞在。最後の最後で重大なミス発覚。今までやってきた操作ではダメな様子。ちょっと代わりの方法考えないといけない。本当にスッキリ進んだ試しがないな。凍結乾燥フルに使わせてもらったおかげで、サンプルは明日で調整し終わりそう。来週にはそれらを評価できる。週始めに共同研究(自分は絡んでないけど)のお手伝いと薬局があるからあんまり進められないのが歯がゆい。あーそうそう共同利用の機器はガンガン使うべきだと思う。自分の研究室にあっても数足りなかったりするとそれだけで実験が遅れてしまう。共同利用だから最低限のルールは守らなければならないけど、どんどん借りるべきだ。

2015/01/31 21:34

下準備と論文集め

12時間滞在。今日は下準備とサンプル回収、評価。少し添加剤を加えたけど問題なく目的の物は得られそうだ。EDSの方法見直さないといけないな。ある程度マッピングできそうなものだが、ピークしか見られなかった。実験の合間に、論文読み。2015年のものだが、20年も前にうちでやられてることを新しいアプローチとして書いてるところは憤りを覚える笑学会発表だから仕方ないのかもしれん。論文にしてないのが悪いのかな。読んでると参考文献集めしてしまう。結局、イントロ部分で前報があることが発覚して中断、図書館でコピーして終わってしまった。明日読もう。レビューも見つかったしまだまだ読むべき物はたくさんある。その後は後輩…

2015/01/30 23:06

犠打でも並べれば点になる。

ラーメン屋で油繋げて遊んで、今帰り道。久しぶりにやったな。エントロピー強制増大。今日は10時間滞在。(韻？昨日、今日と凍結乾燥サンプル6つ作ってやったぜ。ついでに文献チェックと予備検討と準備実験も進め中。文献は昨年夏のものを見つけたけど、やはり既存のアプローチだから、あんまり読む気はしないけど英語の勉強にはなるし、データ集めとかないとレビュー書くときにしんどいらしいから、コツコツまとめます。月末にGoogle scholar とpubmedでキーワードチェックするのと、関連雑誌を読む程度で良いだろうか。関連雑誌は今の所全然できていないけど、過去20年くらいまでは目を通しておきたい。学部生の場合…

2015/01/29 23:44

徹夜の使いどき

今日は13時間滞在を超えている。共同利用の凍結乾燥の定期メンテ、共同利用の機器の予約の関係で、今日徹夜して終わらせた方が早いことが判明したので、もう少し残って終わらせます。今日は幸い一緒に残る奴がいるから楽しめる。さて何時になるやら

2015/01/28 22:25

ボウリング、ボールミル

11時間滞在。の後、後輩とボウリング。たまには気を抜かないとね。体力的に限界で5ゲーム目にスコアダウン。ハイスコア157、微妙だ。実験は、初めて扱うボールミルによる湿式粉砕。仕込みが多すぎたのかあまり粉砕が進まなかった。自分の場合、粉砕というより解きほぐすイメージだけども。操作は覚えたからあとは目的の物を調整するのみだ。今日の収率次第で先に進める。タイトルは適当である。

2015/01/27 23:44

薬局と大学院生2

週一回の仕事終了。現場に出ると、ほんとに国家試験なんだったの？って思う事が多い。ニューキノロンとアルミニウム製剤とか普通に出てくる。薬情の「この薬は後発品です」の記載について患者さんから聞かれた。そんなに大した説明ではなかったけど、それでも聞いてくれるのは嬉しい。少なくとも聞きにくいオーラは出てなかったのだなとプラスに考える。研究の方は、仕事終わりに頭は働かないから文献集めに徹した。明日から少しずつ読み進めていく。レビューを書くつもりでストックする。明日は実験組学部生の文献発表だ。学部生が自分の研究に関連のある文献を自ら探して、紹介する。まだまだ頻出の単語を調べている人が散見される。恐らくこれ…

2015/01/26 22:30

巨人の肩の乗り方

ある程度データが出揃えば、何かしらの仮説を立てることができる。一回の実験というよりも何回かまとめて傾向を見るとそれなりに見えてくるものなのだな。自分なりの仮説を立てると難解な解説も少し理解できるようになる。四月に読んだ総説はまるで分からなかったが、実験でイメージを掴んでから読むと読めるようになっている。自分で試さなくても先人が大量の実験を行ってくれてたりすると少し嬉しくなる。やっと巨人の肩に乗れたのかな笑今まではどこから登れば良いか分からなかったが、やっと入り口らしきものを見つけたような気がする。

2015/01/25 22:54

発表終了

7時間滞在。発表終了。1分オーバーしてしまった。やはり、D2.D3の人と比べると質問の受け答えがなってないように思う。しかも1年後にあれだけの成果は望めるだろうか。しかし、今回の発表を通して研究の理解が深まった。思いがけない文献も見つけたし、同期には肝心なところも伝わったようだ。明日から実験できるのが楽しみで仕方がない。先生の言葉「寝てる間に考えろ」年末の山中教授の言葉「ビジョン＆ハードワーク」をモットーに頑張ります。

2015/01/24 23:38

研究報告会前日

13時間滞在。 明日は学部の博士課程全員の発表会。 一日で終わるところが寂しいな。 それだけ博士課程が少ないということ。 今日は夜中まで練習する。あと半分が頭に染み込んでない。 帰りに同期と会って思ったけど、 同期の研究全然分かってないな。 皆、自分のことで精一杯だ。 とりあえず明日は先輩の発表が聞けるのが楽しみだ。 二年目、三年目にどこまで完成するのか興味がある。 遠すぎて落ち込むだけかもしれないが笑 純粋に研究に内容にも興味がある。 そして、明日が終われば実験を進められる。 今度こそ頭と体をバランス良く進めることを目標に。。。 写真は表情に惹かれたので

2015/01/23 22:11

体験以上の体験。

12時間滞在。 一日中スライド作ってたな。 目から血が出るんじゃないかと思う。 訂正はほどほどに、明日は話す練習しないといけない。 実験が少し進んでから、最初に読んだレビューを見返すと少し意味が分かるようになっていることに気づく。 自分のテーマは粉体の混合の根源にかかわるところだ。 粉体の混合なんていたるところで行われている。 そういう狭いものがしたくてこのテーマにしたから目論見通りと言える。 世間から見たら細く、誰も見向きもしないことだけれど、静かに働く揺るがない原理原則。 困難だけど少しずつ、イメージできるようになるのが面白い。 現象を目で見る以上に理解する感覚がたまらない。 喜嶋先生から…

2015/01/22 21:24

先生のスライドチェックを受けて

8時間滞在 6時間睡眠は自分には短いのか。 ただの甘えか。サボってしまった。 明日は仕切り直してまた8:00登校 スライドは全然練習出来なくて散々だった。 さらに内容を直してまた明日、チェックしてもらえることになった。 言葉遣いと強調すべきところのズレ、誤解を生む説明には気をつけなければならない。 先生のチェックを受けながら相談することで理解が深まる． さすがに研究テーマに浸っている時間が違う． 先生の資料を拝借させてもらうことになった． 喜嶋先生にこんなセリフがあったな． 自分の場合は20年だ 20年あればなんとかなるだろう． 無論同じ才能なわけはないが， 今と昔じゃ情報へのアクセススピード…

2015/01/21 23:12

だらだらスライド作り

今日は12時間。またスライド、とりあえず明日は見てもらわないといけないので、キリのいいところで練習しないといけない。スライドに時間かけすぎたかもしれん。でも次から次へと不満な部分がでてくる。朝活は順調。明日で一週間継続することになる。今日は書くことないな。明日の添削に期待

2015/01/20 21:59

薬局で働く大学院生

今日は朝から1日薬局で仕事 の前にしっかり大学へ 申請書を書き、実験室の器具片付けてから仕事に向かった。 うちの研究室は、実験に必要な試薬は自己判断で購入する。 その際にどのような理由で必要かを明確に書いて、その物品を使った実験計画も書く。 現状、添削されないから自己満足になってはいるが、それでも書き慣れるのは良いことだと思う。 そうやって責任を持って一人一人実験出来る環境は非常に恵まれている． さて、薬局の仕事も半日だけ服薬指導をさせてもらえるようになった． 実習生の時と違うことは説明中明らかに放置されていることだ． だから失敗は許されない． 少しでも不安があれば時間がかかっても聞く． そう…

2015/01/19 21:52

MRと薬剤師の勉強会

13時間滞在 夜も遅いと、昼に眠くなる。 スライドがようやく形になったので 後輩に見てもらった。 たぶん先輩のスライドに文句つけるって難しいことかもしれないけど遠慮なく言ってくれたのが嬉しかった。 後輩とはそういう関係を築きたい。 やはりスライドは他人にどれだけ意見を貰えるかだと思う。 朝活メンバーも少しずつ増え、明日は四人だ。 先生に面談も取り付けたし、スライド直しつつ実験も始めたい。 でも明日は朝から薬局、薬局の方も少しずつ知識増やさんと迷惑かかる。 そういや余談だけど、前々からMRが薬局に薬の説明に来るのを勉強会と称するのに違和感を感じてた。 あれを勉強と呼んでるのはいかがなものかと。 …

2015/01/18 22:28